核心结论：承包自来水厂多年未移交管理权，可通过协商、行政投诉、仲裁或诉讼等途径解决，具体需结合合同约定和实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

1. 核查合同条款，明确权利义务

• 合同依据：首先需审查承包合同中关于管理权移交的具体条款，包括移交时间、条件、程序及违约责任等。若合同明确约定了移交期限但对方未履行，则构成违约，可依据合同主张权利。
• 补充协议：若合同未明确约定或约定模糊，可尝试与对方签订补充协议，明确移交时间表及违约责任，为后续维权提供依据。

2. 协商与调解

• 友好协商：建议优先通过书面或会议形式与对方沟通，明确要求按合同或补充协议移交管理权，并留存沟通记录（如邮件、录音等）。
• 第三方调解：若协商无果，可寻求当地水务主管部门、行业协会或人民调解委员会介入调解，推动问题解决。

3. 行政投诉与干预

• 向主管部门投诉：自来水厂属于公共事业领域，可向当地水务局、国资委（如涉及国有资产）或市场监管部门投诉，要求行政机关督促对方履行合同或依法处理。
• 行政裁决：部分地区可能设有专门针对公共事业承包纠纷的行政裁决程序，可申请行政机关作出裁决。

4. 仲裁或诉讼

• 仲裁：若合同中约定了仲裁条款，可向约定的仲裁机构申请仲裁，仲裁结果具有强制执行力。
• 诉讼：若无仲裁条款或仲裁未果，可向法院提起民事诉讼，主张对方履行移交义务并赔偿损失（如因延迟移交导致的经营损失）。诉讼中需提供合同、沟通记录、损失证明等证据。

5. 特殊情形处理

• 合同无效或解除：若对方存在根本违约（如长期拒不移交且无合理理由），可依据《民法典》主张解除合同，并要求返还承包收益、赔偿损失。
• 国有资产特殊规定：若自来水厂涉及国有资产，需遵守《企业国有资产交易监督管理办法》等规定，移交程序可能需经国资监管部门审批，此时可联合主管部门共同推进。

6. 风险防范建议

• 完善合同：未来签订承包合同时，应明确约定管理权移交的具体条款，包括移交标准、验收程序、违约责任等。
• 过程留痕：在承包期间，定期与对方确认移交进度，留存书面记录，避免口头约定。
• 法律监督：在协商、投诉或诉讼过程中，可委托律师参与，确保程序合法、证据充分。

行动建议：根据合同约定和实际情况，优先通过协商或行政投诉解决；若无效，及时启动仲裁或诉讼程序，并同步收集证据。如有具体合同或纠纷细节，可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供针对性方案。