在法纪衔接的情境中，当检察院已经作出不起诉决定书后，纪检部门（这里我们主要理解为对公职人员或特定组织进行纪律监督的部门，尽管具体名称可能因地区和机构而异）的处理方式会依据被不起诉人的身份、案件性质以及相关法律法规来综合考量。以下是一个详细且深入的解答：
一、理解不起诉决定的法律效力
首先，必须明确检察院的不起诉决定具有法律效力，它意味着在法律上不能追究被不起诉人的刑事责任，也不能对其进行刑事处罚。这一决定是终局性的，除非有新的证据或情况出现，否则不得随意更改。
二、纪检部门的处理原则
纪检部门在处理此类案件时，主要遵循以下原则：
- 依法依规：严格按照相关法律法规和纪律规定进行处理，确保程序的合法性和公正性。
- 实事求是：根据案件事实和证据，客观公正地评价被不起诉人的行为。
- 区别对待：根据被不起诉人的身份、案件性质以及造成的后果等因素，采取不同的处理措施。
三、具体处理措施
对于公职人员：
- 纪律审查：如果被不起诉人是公职人员，纪检部门应启动纪律审查程序，调查其是否存在违反党纪政纪的行为。
- 处分决定：根据审查结果，如果公职人员确实存在违纪行为，纪检部门应依据相关规定作出相应的处分决定，如警告、记过、降级、撤职等。
- 通报曝光：对于严重违纪的公职人员，纪检部门还可以考虑将其违纪行为通报曝光，以起到警示作用。
对于非公职人员但涉及特定组织：
- 内部调查：如果被不起诉人虽非公职人员，但属于特定组织（如企业、社团等）的成员，且其行为可能违反该组织的规章制度，纪检部门（或该组织的内部监督机构）应进行内部调查。
- 组织处理：根据调查结果，如果确实存在违规行为，可以依据组织规定给予相应的组织处理，如警告、罚款、开除等。
对于所有被不起诉人：
- 关注后续行为：即使检察院决定不起诉，纪检部门仍应关注被不起诉人的后续行为，确保其不再违反法律法规或纪律规定。
- 教育引导：对于因情节轻微或证据不足而不起诉的被不起诉人，纪检部门可以对其进行教育引导，帮助其认识错误，改正行为。
四、与检察院的沟通协调
在处理过程中，纪检部门应与检察院保持密切沟通协调，了解不起诉决定的具体理由和依据，以及案件的其他相关情况。这有助于纪检部门更准确地评价被不起诉人的行为，并作出恰当的处理决定。
五、注意事项
- 保护合法权益：在处理过程中，纪检部门应确保被不起诉人的合法权益不受侵犯，避免对其造成不必要的损害。
- 遵守程序规定：纪检部门在处理案件时，应严格遵守相关程序规定，确保处理的合法性和公正性。
综上所述，当检察院作出不起诉决定书后，纪检部门应根据被不起诉人的身份、案件性质以及相关法律法规来综合考量，并采取相应的处理措施。这些措施旨在确保法律决定的正确执行，维护社会公平正义，同时促进被不起诉人的改正和成长。