项目劳动合同在三个项目结束后，合同的处理方式主要取决于合同中的具体约定以及双方协商的结果。以下从不同角度为你详细分析：
合同有明确约定的情况
- 如果项目劳动合同中明确约定了合同期限以完成三个项目为标准，那么在三个项目结束后，合同通常自然终止。例如合同中写明“本合同自双方签字之日起生效，至乙方完成甲方指定的三个项目（项目A、项目B、项目C）时终止”，这种情况下，合同到期后，双方的权利义务关系即告结束。
- 若合同约定在三个项目结束后，根据项目成果、双方合作情况等因素决定是否续签合同或者转为其他形式的合同（如长期劳动合同），那么就需要按照合同约定的程序和条件来处理。比如合同约定“三个项目完成后，经甲方考核乙方工作成果合格，且双方协商一致，可签订无固定期限劳动合同”，此时就需要进行考核和协商等后续步骤。
合同无明确约定的情况
- 双方协商一致：在这种情况下，双方可以通过友好协商来决定合同的后续处理方式。如果双方都愿意继续合作，可以重新签订一份新的劳动合同，明确新的工作内容、期限、报酬等条款；如果一方不愿意继续合作，那么合同可以在三个项目结束后自然终止，用人单位需要按照法律规定为劳动者办理离职手续，如结算工资、转移社保关系等。
- 用人单位单方面决定：如果用人单位在三个项目结束后，没有正当理由单方面决定不再与劳动者续签合同或者继续安排工作，那么用人单位可能需要向劳动者支付经济补偿。根据《劳动合同法》的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。不过，如果是因劳动者自身原因（如严重违反用人单位规章制度、不能胜任工作等）导致用人单位不续签合同或者解除合同的，用人单位则无需支付经济补偿。
- 劳动者要求继续履行：如果劳动者希望继续在用人单位工作，而用人单位拒绝，劳动者可以与用人单位进行沟通协商。若协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位继续履行劳动合同或者支付相应的赔偿。
建议：为了避免在三个项目结束后出现合同纠纷，劳动者在签订项目劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于合同期限、终止条件、经济补偿等方面的约定。如果合同中没有明确约定或者约定不明确，可以在合同履行过程中与用人单位进行沟通，以书面形式补充相关条款。如果在合同结束后遇到问题，可以随时向我咨询，我会为你提供详细的法律建议和解决方案。