合同纠纷已经履行付款义务后，撤案需分情况处理，具体如下：

1. 若案件处于诉前调解或仲裁前阶段
   若双方已自行达成和解且付款完成，可共同向调解机构或仲裁委提交《撤案申请书》，附上付款凭证（如银行转账记录、收条等），说明纠纷已解决的事实。此时机构会依程序终止调解或仲裁流程，案件不会进入正式审理阶段。

2. 若案件已进入诉讼程序

   • 法院未立案阶段：若原告已提交起诉材料但法院尚未正式立案，双方可签署《和解协议》并由原告向法院提交《撤诉申请书》，附付款凭证。法院审查后若确认纠纷已解决，会出具《民事裁定书》准予撤诉，案件终止。
     
   • 法院已立案阶段：若案件已分配法官并进入审理程序，原告需主动提交《撤诉申请书》，同样需附付款凭证。法院会组织双方确认和解真实性（可能通过询问或书面确认），若无误则裁定撤诉。需注意：若案件涉及财产保全或执行措施，需同步申请解除保全/执行，避免额外损失。

3. 若案件已进入执行阶段
   若判决已生效且进入强制执行程序，被执行人履行付款义务后，需向执行法院提交《结案申请书》及付款凭证。法院核实后会出具《执行结案通知书》，并在执行系统中标记案件已结清，此时申请执行人不得再以同一事由申请恢复执行。

关键提醒：

• 撤案的核心是“证明纠纷已解决”，因此付款凭证需清晰显示金额、时间、双方账户信息，且与合同约定一致；
  
• 若对方拒绝配合撤案（如虽收款但否认和解效力），可凭付款凭证向法院/仲裁委主张“对方已实际履行”，通过司法程序确认和解效力；
  
• 撤案后建议双方签署《终结协议》，明确“双方就本合同纠纷再无争议”，避免后续反悔。
  

如有具体案件细节（如是否已立案、付款方式等），可进一步向我说明，我会结合实际情况提供操作建议。