在解答您的问题“父亲可以替儿子诉讼吗，户口不在一个，母亲和儿子是一个户口”之前，我们首先要明确几个关键的法律概念和原则。
首先，关于诉讼代理人的资格，一般来说，在民事诉讼中，如果当事人是无诉讼行为能力人（如未成年人或精神病人），那么需要由其法定代理人代为进行诉讼。法定代理人通常是由法律规定的具有监护职责的人来担任。
接下来，我们针对您的情况进行具体分析：
关于户口问题：户口是否在一起，并不是决定父亲能否作为儿子诉讼代理人的关键因素。关键在于父亲是否具有监护资格，并且是否实际履行了监护职责。
关于监护资格：根据我国法律，父母通常是未成年子女的法定监护人。即使父母离婚，这一监护资格并不因此消除。然而，如果父母中的一方或双方不履行监护职责，那么具有监护资格的其他亲属（如祖父母、外祖父母等）在特定情况下可以“替补”为监护人。
关于诉讼代理：在您提到的情况中，如果儿子是无诉讼行为能力人，并且父亲具有监护资格且实际履行了监护职责（或者根据法院指定成为法定代理人），那么父亲是可以作为儿子的法定代理人进行诉讼的。户口是否在一起，并不影响这一法律关系的成立。
特殊情况：如果儿子已经成年，那么他通常具有完全的诉讼行为能力，不需要父亲代为诉讼。此外，如果儿子虽然未成年，但母亲作为另一监护人愿意且能够代为诉讼，那么父亲可能不是必要的诉讼代理人。
综上所述，父亲是否可以替儿子诉讼，并不取决于户口是否在一起，而是取决于父亲是否具有监护资格，并且是否根据法律规定或法院指定成为了儿子的法定代理人。如果儿子是无诉讼行为能力人，且父亲符合上述条件，那么父亲是可以作为儿子的法定代理人进行诉讼的。
希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。