结论：小股东不同意并不能直接撤销公司借款协议，但小股东可以通过特定途径维护自身权益，具体取决于借款协议的合法性、公司章程及股东会决议程序等因素。以下从不同角度详细分析：

一、借款协议的合法性是基础

1. 合法有效的借款协议：如果公司借款协议是合法有效的，即符合《中华人民共和国民法典》中关于合同生效的要件（如双方意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等），那么该协议对公司和借款方均具有法律约束力。在此情况下，小股东的反对并不能直接导致借款协议的撤销。

2. 存在瑕疵的借款协议：如果借款协议存在瑕疵，如违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。但此时，撤销协议的主体通常是合同的一方当事人（如公司或借款方），而非小股东个人。小股东可以通过提起股东代表诉讼等方式，间接维护公司利益，进而可能影响到借款协议的效力。

二、公司章程及股东会决议程序的影响

1. 公司章程的规定：公司章程是公司的“宪法”，对公司和股东均具有约束力。如果公司章程中明确规定了借款事项的决策程序（如需要股东会或董事会决议通过），且该程序未被遵守，那么小股东可以依据公司章程的规定，主张借款协议无效或可撤销。但同样，这通常需要通过公司内部治理机制或法律途径来实现。

2. 股东会决议程序：如果借款事项需要经过股东会决议通过，而小股东在决议过程中投了反对票，但决议仍然通过（如达到法定表决权比例），那么小股东的反对并不能直接阻止借款协议的签订或执行。然而，小股东可以依据《中华人民共和国公司法》的相关规定，对决议程序提出异议，如认为决议程序违反法律、行政法规或公司章程的规定，可以请求人民法院撤销该决议。但撤销决议并不等同于撤销借款协议，且撤销决议也有严格的时限和条件限制。

三、小股东的维权途径

1. 行使知情权：小股东可以依据《中华人民共和国公司法》的规定，查阅公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议等文件，了解借款事项的具体情况和决策过程。

2. 提起股东代表诉讼：如果小股东认为公司董事、高级管理人员等侵犯了公司利益（如通过不正当手段签订借款协议），可以依据《中华人民共和国公司法》的规定，提起股东代表诉讼，维护公司利益。

3. 寻求法律救济：如果小股东认为自己的权益受到了侵害（如因借款协议导致公司资产减少，进而影响了小股东的分红等权益），可以依据相关法律法规的规定，寻求法律救济。

四、实际操作中的注意事项

• 及时行动：如果小股东发现借款协议存在问题或认为自己的权益受到了侵害，应及时采取行动，以免错过法律规定的时限或丧失维权机会。
• 收集证据：在维权过程中，小股东应收集并保留相关证据（如借款协议、股东会决议、公司章程等），以支持自己的主张。
• 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，小股东在维权过程中应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分维护。

总结来说，小股东不同意并不能直接撤销公司借款协议，但可以通过行使知情权、提起股东代表诉讼、寻求法律救济等途径维护自身权益。在具体操作中，小股东应关注借款协议的合法性、公司章程及股东会决议程序等因素，并及时采取行动、收集证据、咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。