针对您提出的“医师未经注册在医疗机构执业怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确结论：
医师未经注册在医疗机构执业是违法的，将受到行政处罚，并可能承担民事责任，甚至构成刑事犯罪。
二、详细分析：
行政责任：
- 责令停止非法执业活动：根据《中华人民共和国医师法》等相关规定，县级以上人民政府卫生健康主管部门有权责令非法行医者立即停止非法执业活动，以遏制违法行为的继续。
- 没收违法所得与物品：卫生健康主管部门将没收非法行医者的违法所得、药品及器械，这是剥夺其继续从事违法活动的物质基础。
- 罚款：非医师行医的，可并处违法所得二倍以上十倍以下的罚款；若无法确定违法所得或违法所得不足一万元，则处以一万元以上十万元以下的罚款。对于医师未经注册行医，同样可能面临类似的罚款处罚。
- 警告、暂停执业及吊销执业证书：根据情节轻重，卫生行政部门还可能给予警告、责令暂停6个月以上1年以下执业活动，甚至吊销执业证书的处罚。
民事责任：
- 如果医师未经注册行医造成患者人身损害，将构成民事侵权。患者有权依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求非法行医者赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。若造成残疾或死亡，还应赔偿相应的辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金。
刑事责任：
- 医师未经注册行医情节严重的，可能构成非法行医罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑罚。若严重损害就诊人身体健康，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，则处十年以上有期徒刑，并处罚金。这里的“情节严重”包括造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，造成甲类传染病传播、流行或有传播、流行危险，使用假药、劣药或不符合标准的卫生材料、医疗器械足以严重危害人体健康，非法行医被行政处罚两次后再次非法行医，以及其他情节严重的情形。
三、总结与建议：
医师未经注册在医疗机构执业不仅违反法律法规，还严重威胁患者的生命安全和身体健康。因此，我强烈建议所有医师在从事医疗活动前，务必按照相关法规完成注册手续，确保自身具备合法的执业资格。同时，医疗机构也应加强审核和管理，确保聘用的医师均具备合法执业资格。相关部门也应加强监管力度，严厉打击非法行医行为，保障医疗服务的专业性和安全性。