关于取得16年土地承包经营权证后土地界址发生纠纷的性质问题，这既可能涉及民事纠纷，也可能需要政府进行确权，具体取决于纠纷的具体情况和解决途径。以下从不同角度为您详细分析：
民事纠纷角度：
- 纠纷性质：如果土地界址纠纷主要涉及相邻土地使用人之间的权益争议，比如一方认为另一方侵占了其土地，或者双方对土地边界存在不同理解，那么这通常被视为民事纠纷。
- 解决途径：在这种情况下，当事人可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等民事途径来解决纠纷。特别是如果双方已经取得了土地承包经营权证，那么证书上的界址信息将是解决纠纷的重要依据。如果一方认为证书上的界址有误，也可以提起民事诉讼，请求法院对界址进行确认或更正。
政府确权角度：
- 确权必要性：在某些情况下，土地界址纠纷可能涉及土地权属的争议，或者由于历史原因、测量误差等因素导致土地承包经营权证上的界址信息不明确或存在争议。这时，可能需要政府相关部门进行确权，以明确土地的具体边界和权属。
- 确权程序：政府确权通常涉及土地管理部门的调查、测量、核实等程序，并可能依据相关法律法规和政策规定作出确权决定。如果当事人对政府的确权决定不服，还可以依法提起行政复议或行政诉讼。
法律建议：
- 在处理土地界址纠纷时，建议当事人首先尝试通过协商或调解等和平方式解决争议，以节省时间和成本。
- 如果协商或调解无果，且纠纷主要涉及相邻土地使用人之间的权益争议，可以考虑通过仲裁或诉讼等民事途径解决。
- 如果纠纷涉及土地权属的争议或土地承包经营权证上的界址信息不明确，建议及时向当地土地管理部门申请确权，并遵循相关程序进行。
可能后果：
- 如果纠纷通过民事途径解决，法院或仲裁机构将根据事实和法律规定作出裁决或调解书，当事人应履行相应的义务。
- 如果纠纷通过政府确权解决，土地管理部门将作出确权决定，明确土地的具体边界和权属。当事人对确权决定不服的，可以依法提起行政复议或行政诉讼。
综上所述，土地界址纠纷的性质和解决途径取决于具体情况。如果您在处理此类纠纷时遇到法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。