结论前置：在合同中明确约定了管辖法院且该约定有效的情况下，一般不能在被告住所地起诉，而应按照合同约定向指定的法院提起诉讼。但存在特定情形时，可以在被告住所地起诉。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况：遵循合同约定

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。这意味着，如果合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么双方应当遵循这一约定，向约定的法院提起诉讼。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中明确约定了发生纠纷时由合同签订地（如北京）的法院管辖。那么，当双方因合同履行发生纠纷时，甲或乙应当向北京的法院提起诉讼，而不能随意选择在被告（如乙）的住所地（如上海）起诉。

二、特殊情况：可以在被告住所地起诉

尽管合同约定了管辖法院，但在某些特殊情况下，原告仍有可能在被告住所地起诉：

1. 约定无效或不明确：

   • 如果合同中的管辖条款因违反法律强制性规定（如级别管辖、专属管辖）而被认定为无效，或者管辖条款表述模糊、无法确定具体的管辖法院，则原告可以向被告所在地法院提起诉讼。
   • 举例：若合同中约定的管辖法院为“某地法院”，但“某地”并不明确，无法确定具体是哪个法院，此时该管辖条款可能被认定无效，原告可以向被告住所地法院起诉。

2. 被告提出管辖权异议并成功：

   • 在某些情况下，即使合同约定了管辖法院，被告也可能基于各种理由（如方便诉讼、公正审判等）向法院提出管辖权异议。如果法院经审查认为被告的异议成立，可能会将案件移送至被告所在地或其他更合适的法院审理。
   • 举例：若被告认为合同约定的管辖法院距离其住所地过远，导致其参加诉讼不便，且能够提供充分证据证明这一点，法院可能会考虑将案件移送至被告住所地法院审理。

3. 合同未实际履行且双方住所地均不在约定履行地：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十八条，如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。
   • 举例：若甲乙双方签订了一份买卖合同，约定在丙地履行，但合同并未实际履行，且甲乙双方的住所地均不在丙地，那么当双方因合同发生纠纷时，可以向被告住所地法院起诉。

三、实际操作建议

1. 仔细审查合同条款：在签订合同时，应仔细审查管辖条款，确保其符合法律规定，避免违反级别管辖和专属管辖的规定。同时，管辖条款应表述清晰、明确，避免产生歧义。

2. 及时提出管辖异议：如果一方违反约定到非约定法院起诉，另一方有权提出管辖异议，要求将案件移送至约定的管辖法院。提出管辖异议时，应提供充分证据证明自己的主张。

3. 寻求专业法律帮助：在处理复杂的管辖问题时，建议直接向我咨询，以确保自身权益得到充分保护。我会根据具体情况为你提供详细的法律分析和建议。

综上所述，合同中约定法院管辖后，原则上应当遵循约定向指定的法院提起诉讼。但在特定情况下，如管辖协议无效、合同未实际履行等，可以根据法律规定灵活处理，确保案件的合法管辖。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。