结论：公司因员工未打卡迟到扣钱是否合法，主要取决于公司是否有合法有效的规章制度作为依据，以及扣钱行为是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合法性情况
有合法有效的规章制度依据
- 制度制定程序合法：公司必须制定了明确的考勤制度，并且该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）和公示或告知劳动者（如在公司内部公告栏公示、组织员工培训等）。
- 扣钱规定明确：若公司考勤制度规定未打卡视为迟到，并明确扣除相应工资的比例或金额，且该制度制定程序合法并已公示，则按照此制度扣钱是合法的。
- 示例：公司考勤制度规定，员工迟到一次扣除当日工资的10%，且该制度已经职工代表大会讨论通过并在公司内部公告栏公示，那么公司因员工未打卡迟到扣钱就是合法的。
扣钱金额合理且不低于最低工资标准
- 金额合理：扣钱的金额应当合理，不能过分高于因未打卡可能给公司带来的损失。
- 不低于最低工资：扣除后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 示例：若员工因未打卡迟到被扣除的金额相当于其当日工资的10%，且扣除后工资仍高于当地最低工资标准，这种扣钱方式是合理的。
员工确实存在迟到行为
- 事实依据：如果员工未打卡是因为确实迟到了，且公司有证据证明这一点（如监控录像、其他员工证言等），那么公司有权根据考勤制度扣除相应工资。
不合法性情况
缺乏制度依据或未经法定程序制定
- 无制度依据：若公司没有制定相关考勤制度，或制度的制定没有经过民主程序和公示告知程序，则扣钱行为缺乏合法依据。
- 示例：公司突然宣布未打卡要扣钱，但此前无相关规定或未与员工协商、公示，此扣钱行为不合法。
扣钱金额不合理或低于最低工资标准
- 金额过高：若扣钱金额过高，明显超出因未打卡可能造成的损失，则扣钱行为不合法。
- 低于最低工资：若扣除后工资低于最低工资标准，则扣钱行为同样不合法。
- 示例：因一次未打卡迟到扣除当月一半工资，导致工资低于最低工资标准，此扣钱行为不合法。
公司无法证明员工迟到
- 缺乏证据：如果公司无法提供证据证明员工确实迟到了（如没有监控录像、其他员工证言等），那么公司因员工未打卡迟到扣钱就是不合法的。
员工权益保护
- 举报投诉：若公司无故扣减员工工资，员工可向人社局的劳动监察大队举报投诉，要求查处。
- 劳动仲裁：员工也可依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求支付被非法扣除的工资及赔偿金。
- 申请时效：在劳动关系终止的情况下，员工应自劳动关系终止之日起一年内提出劳动仲裁申请。
建议：作为员工，如果公司因你未打卡迟到扣钱，你首先应该查看公司的考勤制度，确认该制度是否合法有效且已公示告知。如果制度合法且你确实迟到了，那么公司扣钱可能是合法的；如果制度不合法或公司无法证明你迟到了，那么你可以向劳动监察大队举报投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。