基本农田不能种植多年生药材、花卉、食用菌类，不能进行不能专门用于种植粮食作物的育苗等活动，也不能挖塘养鱼、发展林果业。以下是对这一结论的详细解释：

一、基本农田的定义与重要性

基本农田是按照人口和社会经济发展需求，依据土地利用总体规划确定的、不得占用的高产优质耕地。它是耕地中的核心部分，保护基本农田直接关系到国家的粮食安全和农业可持续发展。

二、基本农田的种植规定

1. 主要作物：

   • 基本农田应主要用于种植粮食作物，如稻谷、小麦、玉米等，这些是国家粮食安全的基础。

2. 禁止种植与行为：

   • 多年生药材、花卉、食用菌类：这些作物通常生长周期较长，且可能对土壤造成特定影响，不利于基本农田的长期保护和粮食生产。
   • 不能专门用于种植粮食作物的育苗等活动：这类活动可能改变基本农田的农业用途，影响其作为粮食生产基础的功能。
   • 挖塘养鱼、发展林果业：这些行为会破坏基本农田的耕作层，降低土壤肥力和透水性，从而影响粮食作物的生长。同时，它们也会占据原本用于粮食生产的土地资源，削弱基本农田生产粮食的能力。

三、政策与法规支持

• 《基本农田保护条例》：明确规定禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行破坏基本农田的活动，包括建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物等，同时特别指出不准占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
• 《关于防止耕地“非粮化”稳定粮食生产的意见》：进一步强调了严格规范永久基本农田上的农业生产经营活动，明确禁止占用永久基本农田从事林果业以及挖塘养鱼、非法取土等破坏耕作层的行为。
• 《土地管理法》：也明确规定了永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途，特别是禁止占用永久基本农田发展林果业。

四、违规种植的法律后果

在实际操作中，对于农户小面积种植禁止作物的行为，如果及时纠正，移走或清理掉相关作物，恢复原状，通常不会受到处罚。然而，如果农户不配合整改，拒绝清理相关作物，监管部门有权下发整改通知书，要求限期清理并恢复原状，并可能处以相应处罚。在严重情况下，如果构成犯罪，还会移交司法机关追究刑事责任。

五、特殊情况的考虑与建议

虽然基本农田一般不可以种植禁止作物，但在某些特殊情况下，经过严格的法定程序批准，可能存在例外情形。这必须严格按照相关法律法规和政策要求来执行，以确保不损害国家粮食安全和耕地资源的可持续利用。对于已经种植在基本农田上的禁止作物，如果具有经济价值且移植可行，建议农户将其移植到一般耕地或荒山荒地中，以减少损失并避免违反法律法规。

综上所述，基本农田的保护至关重要，它直接关系到国家的粮食安全和农业可持续发展。因此，我们必须严格遵守相关法律法规和政策规定，不得擅自改变基本农田的用途或种植禁止作物。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。