结论：查封土地上有建筑物时，一般不可以只查封土地而不涉及建筑物，但在特定条件下可实现“仅查封土地”的效果。以下是具体分析：

1. “房地一体”原则下的查封规则
   根据《民法典》第356条及《城市房地产管理法》第32条，土地使用权与地上建筑物、构筑物属于“不可分割的整体”，查封土地时原则上必须同时查封其上的建筑物（反之亦然）。这是为了防止通过分割处置损害债权人的利益，例如若仅查封土地而允许建筑物单独转让，可能导致土地与建筑物权属分离，引发后续纠纷。

2. 例外情形：可“仅查封土地”的特殊情况

   • 建筑物未登记或权属不明：若建筑物未办理产权登记（如违法建筑），或权属存在争议（如共有财产未分割），法院可能仅对土地进行查封，并在裁定书中明确“查封范围以土地使用权证记载为准，不涉及地上无证建筑”。
     
   • 当事人协商一致：若申请查封的债权人与被执行人达成书面协议，明确放弃对建筑物的查封请求，法院可能根据意思自治原则仅查封土地。但需注意，若建筑物已设定抵押或存在其他优先权，其他权利人可能提出异议。
     
   • 执行程序中的分割处置：在执行阶段，若土地与建筑物可物理分割（如独立院落中的土地与房屋），且分割不影响价值和使用功能，法院可能允许单独处置土地。但需经评估机构出具分割可行性报告，并公告征求利害关系人意见。

3. 实务建议

   • 申请查封前：需通过不动产登记中心调取土地及建筑物的权属信息，确认两者是否已分别登记。若未分别登记，应同时申请查封土地及建筑物。
     
   • 查封后处置：若需单独处置土地，需向法院提交分割处置申请，并附评估报告、利害关系人同意书等材料。若建筑物存在租赁、抵押等权利负担，需提前通知相关权利人参与处置程序。
     
   • 风险提示：若仅查封土地而未查封建筑物，后续可能面临建筑物被转移、抵押或毁损的风险，导致土地价值贬损。建议优先选择“房地一体”查封以保障债权实现。

如有进一步疑问（如具体案件中的查封程序、权利冲突解决等），可直接向我咨询，我会结合您的案件细节提供更精准的建议。