针对您提出的“个人在争议耕地上耕作，镇政府发了停工通知仍继续耕作应如何处理”的问题，这涉及到法律、政策以及实际操作层面的多个方面，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面
耕地保护法律：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第三十八条，明确禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。若耕地存在争议，更应遵循法律程序解决争议，而非擅自耕作。
- 《基本农田保护条例》也规定，承包经营基本农田的单位或个人连续2年弃耕抛荒的，原发包单位将依法终止承包合同，收回发包的基本农田。这强调了耕地保护的重要性，以及对于撂荒耕地的处理措施。
停工通知的法律效力：
- 镇政府发出的停工通知，是基于其管理职权和法律、法规的规定，具有法律效力。若个人在收到停工通知后仍继续耕作，可能构成违法行为。
二、政策层面
耕地地力保护补贴：
- 根据财政部、农业农村部的相关规定，对耕地撂荒1年以上的农户，将取消次年耕地地力保护补贴资格。这一政策旨在鼓励农户积极耕作，保护耕地资源。
- 若个人在争议耕地上耕作且收到停工通知后仍继续，可能面临补贴取消的风险。
耕地流转与代耕：
- 对于连续撂荒2年以上的耕地，村集体经济组织将按规定引导土地经营权流转，或由村集体、镇政府委托第三方开展代耕代种。这是为了盘活闲置耕地，提高土地利用效率。
- 若争议耕地长期无人耕作且符合流转或代耕条件，可能面临被流转或代耕的风险。
三、实际操作层面
停止耕作并协商解决争议：
- 收到停工通知后，个人应立即停止耕作行为，避免进一步违法。
- 积极与争议方或相关部门进行协商，寻求争议解决的途径。这可能包括通过法律途径解决争议、达成耕作协议等。
配合政府工作：
- 遵守镇政府的停工通知，配合政府开展耕地保护、流转或代耕等工作。
- 若政府提出合理的耕作建议或方案，应积极考虑并配合实施。
寻求法律援助：
- 若个人对停工通知或争议处理有异议，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自身权益和义务，以及可能的法律后果。
四、后果与责任
- 若个人在收到停工通知后仍继续耕作，可能面临法律处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 若耕作行为对耕地造成损害，还可能承担赔偿责任。
- 长期忽视政府通知和法律规定，可能影响个人信用记录，对未来农业生产或土地经营产生不利影响。
总结与建议：
个人在争议耕地上耕作且收到镇政府停工通知后，应立即停止耕作行为，积极与争议方或相关部门协商解决争议。同时，遵守政府规定和法律要求，配合开展耕地保护、流转或代耕等工作。若对处理有异议或需要法律帮助，可以寻求法律援助或咨询专业律师。保护耕地资源是每个人的责任和义务，应共同维护良好的农业生产环境和土地利用秩序。