针对甲方发现串标但合同已签订，代理机构应如何处理的问题，我的结论是：代理机构应立即采取措施，包括但不限于审查合同效力、收集证据、与甲方沟通协商，以及根据具体情况考虑是否提起诉讼或申请仲裁，以维护自身合法权益。
一、审查合同效力
串标行为的法律性质：
- 串标行为通常违反了《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，属于违法行为。如果合同是基于串标行为而签订的，那么该合同可能因违反法律强制性规定而无效。
合同效力的判断：
- 代理机构应首先审查合同是否因串标行为而无效。如果合同无效，那么代理机构与甲方之间的权利义务关系将不受合同约束，代理机构有权要求甲方返还因合同取得的财产，并可能要求甲方承担因合同无效而造成的损失。
二、收集证据
证据的重要性：
- 在处理此类纠纷时，证据是至关重要的。代理机构应收集所有与串标行为相关的证据，包括但不限于招标文件、投标文件、中标通知书、合同文本、通信记录等。
证据的收集与保存：
- 代理机构应确保所有证据的完整性和真实性，并妥善保存。在必要时，可以请专业机构对证据进行鉴定或公证，以增强证据的证明力。
三、与甲方沟通协商
沟通协商的目的：
- 在发现串标行为后，代理机构应首先尝试与甲方进行沟通协商，以寻求和解或达成其他协议。这有助于减少诉讼成本和时间，并维护双方之间的商业关系。
沟通协商的策略：
- 在沟通协商过程中，代理机构应明确表达自己的立场和诉求，同时倾听甲方的意见和解释。双方可以就合同的效力、违约责任、赔偿方式等问题进行协商，并尝试达成一致意见。
四、考虑提起诉讼或申请仲裁
诉讼或仲裁的适用性：
- 如果沟通协商无果，或者甲方拒绝承认串标行为并拒绝承担责任，那么代理机构可以考虑提起诉讼或申请仲裁。这取决于合同中是否约定了仲裁条款以及双方对争议解决方式的选择。
诉讼或仲裁的准备：
- 在提起诉讼或申请仲裁前，代理机构应准备好所有相关证据和材料，并咨询专业律师的意见。律师将协助代理机构制定诉讼策略或仲裁申请书，并代表代理机构出庭或参与仲裁程序。
五、其他注意事项
法律风险的评估：
- 在处理此类纠纷时，代理机构应充分评估法律风险，包括合同无效的风险、诉讼或仲裁的成本和时间风险等。这有助于代理机构做出更明智的决策。
合规经营的提醒：
- 代理机构应从中吸取教训，加强内部合规管理，确保在未来的招标投标活动中遵守相关法律法规和道德规范，避免类似纠纷的再次发生。
最后，我建议代理机构在处理此类纠纷时保持冷静和理性，积极寻求专业律师的帮助和支持。 如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。