公司内控制度规定对员工罚款，主要违反了《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规中关于用人单位不得随意克扣劳动者工资的规定。具体分析如下：

1. 《中华人民共和国劳动合同法》的禁止性规定
   根据《劳动合同法》第九条及第三十条，用人单位招用劳动者时不得扣押证件或要求提供担保，更不得以其他名义收取财物。虽然该条款未直接提及“罚款”，但结合第三十八条“未及时足额支付劳动报酬”可解除合同的规定，以及司法实践中对“劳动报酬”的广义解释（包括工资、奖金、津贴等），用人单位通过内部制度对员工罚款实质上属于变相克扣工资，违反了劳动合同法的核心原则。

2. 《工资支付暂行规定》的明确限制
   原劳动部《工资支付暂行规定》第十六条规定，仅在劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若公司制度未以“赔偿经济损失”为前提，或扣除比例超出法定限额，则直接违反该规定。例如，员工迟到罚款50元虽以“违纪”为由，但若未证明造成实际损失，即属于违法克扣。

3. 地方性法规的补充约束
   部分省份如广东、江苏等地在《工资支付条例》中明确禁止用人单位对员工罚款。例如，《广东省劳动保障监察条例》第五十一条规定，用人单位以罚款名义扣减工资的，由人社部门责令限期改正，逾期未改的按扣减金额处以一倍以上三倍以下罚款。此类地方性法规进一步压缩了用人单位罚款的合法空间。

4. 程序合法性的双重要求
   即使公司制度以“赔偿损失”为由扣款，仍需满足两重程序：

   • 民主程序：罚款制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定（《劳动合同法》第四条）；
     
   • 公示程序：制度需向劳动者公示或告知，否则不产生约束力（《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条）。
     实践中，多数企业因未履行上述程序导致罚款制度被认定无效。

实务建议：

• 对用人单位：若需约束员工行为，可通过绩效考核、奖金浮动等合法方式实现，避免直接罚款；若因员工过错造成损失，应保留证据并严格按法定比例扣款。
  
• 对劳动者：若遭遇违法罚款，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求返还被扣工资并可能主张经济补偿。
  

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