针对您提出的“农村土地承包经营纠纷超过两年时效怎么办”的问题，首先需要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，农村土地经营承包合同纠纷的诉讼时效期间一般为三年，而非两年。这一规定为处理此类纠纷提供了明确的法律依据。
一、关于诉讼时效的基本规定
《民法典》第一百八十八条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”这意味着，在一般情况下，如果一方认为其农村土地承包经营合同权利受到侵害，应在知道或应当知道权利被侵害之日起三年内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
二、超过诉讼时效的处理方式
丧失胜诉权的风险：
- 如果超过了三年的诉讼时效期间，且没有诉讼时效中止或中断的情形，那么权利人将可能丧失通过诉讼获得法院支持其请求的权利，即丧失胜诉权。但这并不意味着权利人的实体权利完全消失，只是无法通过法律途径强制实现。
考虑特殊情况：
- 如果存在不可抗力或其他正当理由导致权利人无法及时行使权利，如自然灾害、战争、无民事行为能力人没有法定代理人等，法院可能会根据实际情况适当延长诉讼时效。但这种情况需要权利人提供充分的证据来证明。
尝试协商或调解：
- 即使超过了诉讼时效，权利人仍可以尝试与对方进行协商或寻求第三方调解，以达成和解协议。这种方式虽然不具有法律强制力，但可以在一定程度上解决纠纷，避免进一步的法律冲突。
关注对方是否提出时效抗辩：
- 在诉讼过程中，如果对方提出时效抗辩，即主张权利人的请求已超过诉讼时效期间，那么权利人需要承担举证责任，证明存在诉讼时效中止或中断的情形，或者证明对方已同意履行义务等。如果无法提供充分证据，法院可能会驳回权利人的诉讼请求。
三、预防诉讼时效超过的建议
及时行使权利：
- 权利人应在知道或应当知道权利被侵害之日起及时行使权利，避免拖延导致诉讼时效超过。
保留证据：
- 权利人应妥善保留与纠纷相关的证据，如合同、付款凭证、通信记录等，以便在需要时证明自己的权利主张和诉讼时效的中止或中断情形。
咨询专业律师：
- 如果对诉讼时效问题存在疑问或不确定如何处理，权利人可以咨询专业律师，以获取专业的法律建议和帮助。
综上所述，虽然农村土地承包经营纠纷的诉讼时效期间为三年，但权利人仍应密切关注诉讼时效问题，及时行使权利并保留相关证据。如果确实超过了诉讼时效期间，权利人可以尝试通过协商、调解等方式解决纠纷，并关注对方是否提出时效抗辩。同时，建议权利人在处理此类纠纷时咨询专业律师，以获取更全面的法律支持和保障。