结论：公司因兼职员工迟到而扣一次工资是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、劳动合同是否有约定以及扣款是否合理等。以下从不同角度进行分析：

一、公司规章制度的角度

1. 规章制度合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
   • 如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，并且该规章制度已经经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），且已公示或告知劳动者，那么该规章制度是合法的。

2. 规章制度执行：

   • 合法制定的规章制度对劳动者具有约束力。如果兼职员工迟到，公司依据合法有效的规章制度进行扣款，通常是合法的。

二、劳动合同的角度

1. 合同约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了迟到扣款的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司依据劳动合同进行扣款也是合法的。

2. 合同变更：

   • 如果劳动合同中没有约定迟到扣款，但公司事后通过规章制度或通知等方式单方面增加该条款，且未经劳动者同意，那么该条款对劳动者不具有约束力，公司不能据此扣款。

三、扣款合理性的角度

1. 扣款比例：

   • 即使规章制度或劳动合同中有迟到扣款的条款，扣款的比例也应当合理。如果扣款过多，可能被视为克扣工资，违反《中华人民共和国劳动法》第五十条关于“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定。

2. 扣款总额限制：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定虽然直接针对的是经济损失赔偿，但扣款合理性原则同样适用于迟到扣款等情形。

四、特殊情况

• 兼职员工性质：

  • 兼职员工通常属于非全日制用工。根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十八条，非全日制用工，是指以小时计酬为主，劳动者在同一用人单位一般平均每日工作时间不超过四小时，每周工作时间累计不超过二十四小时的用工形式。对于非全日制用工，公司可能更倾向于通过灵活的方式管理，但同样需要遵守相关法律法规。

• 地方性规定：

  • 不同地区可能有关于迟到扣款的具体规定或司法实践。例如，某些地区可能规定迟到扣款不得超过一定比例或金额。因此，在判断公司扣款是否合法时，还需要考虑当地的具体规定。

建议：

• 审查规章制度：兼职员工应首先审查公司的规章制度，确认其中是否有关于迟到扣款的条款，以及该条款是否合法有效。
• 核对劳动合同：同时，核对劳动合同中是否有相关约定，确保自己的权益不受侵害。
• 咨询专业意见：如果对公司扣款行为有疑问或不满，建议咨询专业律师或劳动监察部门，以获取更具体的法律建议和支持。

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