室内开孔上屋顶是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、从建筑安全角度
结构安全：
- 如果开孔行为破坏了房屋的主体结构，如承重墙、梁、柱等，那么这种行为是违法的，因为这可能危及到整栋建筑的安全。根据《建设工程质量管理条例》等相关规定，任何单位和个人不得擅自变动房屋建筑主体和承重结构。
- 如果开孔是为了安装设备或进行必要的维修，且未破坏主体结构，但需要确保开孔的位置、大小等符合建筑安全规范，避免对房屋结构造成潜在威胁。
防水与保温：
- 开孔后，屋顶的防水层和保温层可能会受到破坏，导致漏水或保温性能下降。如果因此造成损失或影响他人正常生活，开孔者可能需要承担相应的法律责任。
二、从物业管理角度
业主公约与物业管理规定：
- 许多小区都有业主公约或物业管理规定，对业主的装修行为进行规范。如果开孔行为违反了这些规定，物业管理公司有权制止并要求恢复原状。
- 在进行开孔前，建议先查阅业主公约或咨询物业管理公司，了解相关规定并获得必要的许可。
相邻关系：
- 如果开孔行为影响到相邻业主的正常生活或权益，如造成噪音、灰尘污染等，相邻业主有权提出异议并要求停止侵害。根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
三、从法律责任角度
行政责任：
- 如果开孔行为违反了建筑安全、物业管理等方面的规定，相关部门有权对开孔者进行行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。
民事责任：
- 如果开孔行为造成他人损失或影响他人正常生活，开孔者可能需要承担民事赔偿责任。这包括赔偿因漏水、保温性能下降等造成的损失，以及因噪音、灰尘污染等给相邻业主带来的不便和损失。
四、建议与措施
咨询专业人士：
- 在进行开孔前，建议咨询建筑师、结构工程师或专业的装修公司，了解开孔的可行性和安全性，并确保开孔行为符合相关规范和标准。
获得必要许可：
- 如果开孔行为需要获得物业管理公司或相关部门的许可，务必提前办理相关手续，避免因未经许可而面临法律风险。
采取防护措施：
- 在开孔过程中，应采取必要的防护措施，如设置防护网、使用防尘设备等，以减少对周围环境和相邻业主的影响。
总结来说，室内开孔上屋顶是否合法取决于多种因素，包括建筑安全、物业管理规定、相邻关系以及法律责任等。在进行开孔前，建议充分了解相关规定并咨询专业人士，以确保开孔行为的合法性和安全性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。