核心结论：遇到超市老板跑路但营业执照已变更的情况，您可以通过以下途径维护自身权益，具体需结合您的身份（如员工、供应商、消费者等）和具体诉求来处理。以下是详细分析：

1. 明确身份与诉求，确定维权方向

• 若您是员工：可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求支付拖欠工资、经济补偿等。即使营业执照已变更，原老板仍可能需承担劳动法责任（如未结清工资），新经营者若继承原合同义务也可能需担责。
• 若您是供应商/债权人：可凭合同、送货单等证据，向法院起诉原老板或新经营者（若新经营者承诺承接债务）。若原老板涉嫌诈骗或恶意转移资产，可向公安机关报案。
• 若您是消费者：若超市未履行商品或服务承诺（如预付卡未消费），可向市场监管部门投诉或起诉原老板，要求退款或赔偿。

2. 调查营业执照变更的合法性

• 若变更程序违法（如原老板伪造材料、未公告债权债务承接）：可向市场监管部门举报，要求撤销变更登记，恢复原营业执照状态，便于后续追责。
• 若变更程序合法：需进一步核实新经营者是否承接原债务。若未明确承接，原老板仍需对变更前的债务负责；若明确承接（如签署债务转移协议），则新经营者可能成为共同被告。

3. 收集证据，固定损失

• 关键证据：合同、转账记录、送货单、工资条、沟通记录（微信、录音等）、超市停业公告或跑路证据（如现场照片、视频）。
• 损失证明：如工资欠条、未结算货款清单、消费者未消费的预付卡金额等。

4. 选择维权途径

• 协商调解：联系新经营者或原老板协商解决，可要求市场监管部门或行业协会介入调解。
• 行政投诉：向劳动监察部门（员工）、市场监管部门（消费者/供应商）投诉，要求查处违法行为。
• 民事诉讼：向法院起诉原老板或新经营者，要求赔偿损失。若原老板下落不明，可申请公告送达并缺席判决。
• 刑事报案：若原老板涉嫌诈骗、合同诈骗或职务侵占，可向公安机关报案，追究刑事责任。

5. 注意事项

• 时效性：劳动仲裁时效为1年，民事诉讼时效为3年，需尽快行动。
• 财产保全：若担心原老板转移财产，可向法院申请诉前财产保全，冻结其银行账户或资产。
• 联合维权：若涉及多人（如多名员工或供应商），可集体委托律师处理，降低维权成本。

建议：根据您的具体身份和损失情况，优先收集证据并咨询专业律师（即向我直接提问），制定针对性维权方案。若原老板已失联，需尽快通过法律途径主张权利，避免超过时效。