结论：合同约定若违反《保障中小企业款项支付条例》的相关规定，该约定可能被认定为无效，但具体需结合违反的条款性质及合同整体情况来判断。以下从不同角度详细分析：
一、从《保障中小企业款项支付条例》的立法目的和强制性规定角度
《保障中小企业款项支付条例》旨在保障中小企业款项得到及时支付，缓解中小企业资金压力，切实维护中小企业合法权益。该条例中的部分条款属于强制性规定，即当事人必须遵守，不得通过约定排除或变更。
若合同约定违反了条例中的强制性规定：
- 例如，条例中明确规定了机关、事业单位和大型企业不得要求中小企业接受不合理的付款期限、方式、条件和违约责任等交易条件，不得违约拖欠中小企业的货物、工程、服务款项。如果合同中的相关约定违反了这些强制性规定，那么这些约定将被视为无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。”
若合同约定未违反条例中的强制性规定，但违反了其他非强制性规定：
- 这种情况下，合同约定可能不会直接被认定为无效，但可能因违反条例的立法目的和精神而受到一定的法律限制或调整。例如，如果合同中的付款条款虽然未直接违反条例的强制性规定，但明显不合理地加重了中小企业的负担，法院或仲裁机构在审理时可能会根据公平原则进行适当调整。
二、从合同整体效力和公平原则角度
合同整体效力：
- 即使合同中的部分条款因违反《保障中小企业款项支付条例》而被认定为无效，这并不意味着整个合同都无效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
公平原则：
- 在处理合同纠纷时，法院或仲裁机构会遵循公平原则，确保合同双方的权益得到平衡保护。如果合同中的约定明显违反了公平原则，损害了中小企业的合法权益，那么这些约定可能会被调整或撤销。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订合同时，中小企业应仔细审查合同条款，确保不违反《保障中小企业款项支付条例》的相关规定。特别是关于付款期限、方式、条件和违约责任等关键条款，应给予特别关注。
及时主张权利：
- 如果中小企业发现合同中的约定违反了条例规定，或者对方存在违约拖欠款项的行为，应及时向对方主张权利，并保留好相关证据。必要时，可以寻求法律援助或通过法律途径解决纠纷。
咨询专业律师：
- 在处理涉及《保障中小企业款项支付条例》的合同纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助中小企业更好地维护自身权益。
总结：合同约定若违反《保障中小企业款项支付条例》的相关规定，特别是强制性规定，该约定可能被认定为无效。但具体需结合违反的条款性质及合同整体情况来判断。中小企业在签订合同时应仔细审查合同条款，确保不违反条例规定，并在必要时及时主张权利或咨询专业律师。如果你有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。