结论：工商银行信用卡逾期后打电话协商还本金，此期间储蓄卡里面的钱是否会被扣，需分情况讨论。
分析：
若储蓄卡与信用卡为同一银行且已绑定自动还款：
- 在这种情况下，即使您正在与银行协商还本金的事宜，如果储蓄卡内资金充足且已设置为自动还款账户，银行仍有可能按照之前的约定从储蓄卡中扣款以偿还信用卡欠款。这是因为自动还款协议是您与银行之间事先达成的，银行有权依据该协议进行扣款。
若储蓄卡与信用卡为同一银行但未绑定自动还款，或储蓄卡与信用卡为不同银行：
- 在此情况下，银行通常不会直接从您的储蓄卡中扣款。因为银行没有这样的权利，除非通过法律程序（如法院判决）来强制执行。在协商还本金的过程中，银行更可能的是与您就还款计划、利息减免等事项进行沟通，而不是直接扣款。
特殊情况：
- 如果您的信用卡欠款已经严重逾期，且银行已经通过法律途径（如起诉）来追讨欠款，那么法院可能会判决银行有权从您的其他银行账户（包括储蓄卡）中扣款以偿还欠款。但这种情况通常发生在欠款金额较大、逾期时间较长且银行已经采取了一系列催收措施无果之后。
法律建议：
- 及时与银行沟通：如果您发现自己的信用卡逾期了，并且希望与银行协商还本金的事宜，建议尽快与银行取得联系，说明自己的情况并提出合理的还款计划。
- 了解自动还款协议：如果您之前设置了自动还款功能，请务必了解该协议的具体内容，包括扣款时间、扣款金额等，以避免不必要的纠纷。
- 保留相关证据：在与银行协商的过程中，建议保留好所有的沟通记录、还款凭证等证据，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果您在协商过程中遇到任何问题或纠纷，或者担心自己的权益受到侵害，建议及时咨询专业律师（如我）以获取法律帮助。
后续行动建议：
- 如果您已经与银行协商好了还本金的事宜，并且担心储蓄卡内的资金安全，可以考虑在协商期间暂时将储蓄卡内的资金转移到其他账户或采取其他安全措施。
- 如果您发现银行未经允许擅自从您的储蓄卡中扣款，或者您认为银行的扣款行为存在不当之处，建议立即与银行沟通并寻求解决方案。如果沟通无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。