结论：通过中介机构撤销企业司法裁判文书公开信息是否合法，需分情况讨论，主要取决于撤销的依据和程序是否符合法律规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法撤销的情形
符合法定撤销条件：
- 根据《最高人民法院关于人民法院在互联网公布裁判文书的规定》等相关法律法规，如果裁判文书存在涉及国家秘密、未成年人犯罪、以调解方式结案或者确认人民调解协议效力（但为保护国家利益、社会公共利益、他人合法权益确有必要公开的除外）、离婚诉讼或者涉及未成年子女抚养、监护（同上除外）、人民法院认为不宜在互联网公布的其他情形等，人民法院可以不公开裁判文书。
- 如果企业认为其裁判文书符合上述不公开的条件，且已经通过合法程序向人民法院提出申请，并获得了人民法院的批准，那么通过中介机构（实际上可能是协助企业办理相关手续的机构）来协助完成撤销流程是合法的。但关键在于撤销的依据和程序必须合法，且中介机构的行为也需在法律允许的范围内。
法院依职权撤销：
- 在某些情况下，法院可能依职权决定撤销已经公开的裁判文书，如发现文书存在错误、遗漏或需要更新等。这种情况下，企业无需通过中介机构，而是直接与法院沟通办理撤销手续。但如果企业委托中介机构来协助处理与法院的沟通、提交材料等事务性工作，这也是合法的。
二、非法撤销的情形
无合法依据撤销：
- 如果企业没有合法的理由（如不符合上述不公开的条件），却试图通过中介机构来撤销已经公开的裁判文书，这种行为是违法的。因为裁判文书的公开是司法透明的重要体现，任何非法干预司法公开的行为都可能受到法律的制裁。
中介机构非法操作：
- 即使企业有合法的撤销理由，但如果中介机构采用非法手段（如伪造文件、行贿等）来协助企业撤销裁判文书，那么这种行为也是违法的。不仅中介机构可能面临法律责任，企业也可能因涉及非法行为而受到牵连。
三、法律建议
谨慎选择中介机构：
- 如果企业确实需要撤销已经公开的裁判文书，应谨慎选择中介机构。确保中介机构具有合法资质和良好信誉，且能够提供合法、合规的服务。
了解撤销程序和依据：
- 在委托中介机构之前，企业应自行了解撤销裁判文书的程序和依据。确保自己的撤销请求有合法依据，并按照法定程序进行申请。
积极配合法院工作：
- 如果法院要求企业提供相关材料或进行说明，企业应积极配合法院的工作。确保撤销请求的合法性和合理性得到法院的认可。
关注法律后果：
- 企业应充分了解非法撤销裁判文书可能带来的法律后果。包括但不限于行政处罚、民事赔偿以及刑事责任等。避免因一时之利而陷入长期的法律纠纷中。
总结：通过中介机构撤销企业司法裁判文书公开信息是否合法，关键在于撤销的依据和程序是否符合法律规定。企业应谨慎选择中介机构，了解撤销程序和依据，积极配合法院工作，并关注法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。