核心结论：借条中约定“如到期不还，可从某工程款中扣除”的条款，其法律效力及执行方式需分情况讨论，具体如下：

1. 条款效力需满足“债务特定化”条件

• 若借条中明确约定了工程款的具体项目（如工程名称、合同编号、发包方信息等），且该工程款属于借款人合法应收款项，则该条款可视为双方对债务履行方式的特殊约定，具有法律效力。
• 关键点：需证明工程款与借款人的关联性（如借款人系承包方或实际施工人），且工程款金额需覆盖借款本金及利息（若未约定利息，则仅覆盖本金）。

2. 执行需通过法律程序实现

• 直接扣除的局限性：工程款通常涉及多方合同关系（如发包方、总包方、分包方等），债权人无权直接单方面扣划，否则可能构成侵权。
• 正确路径：
  1. 起诉并申请财产保全：向法院起诉借款人，同时申请冻结其名下对应工程款（需提供工程合同、结算单等证据证明款项归属）；
  2. 参与分配或执行：若工程款已进入发包方账户，可申请法院强制执行，要求发包方协助划扣至法院账户后分配给债权人。

3. 条款无效的常见情形

• 工程款不明确：若借条仅笼统写“工程款”而未指定具体项目，可能因约定不明被认定无效；
• 损害第三方利益：若工程款实际属于其他主体（如挂靠公司、合作方），借款人无权处分，条款可能因无权处分而无效；
• 违反强制性规定：若工程款涉及农民工工资、国家税收等优先受偿款项，债权人不得通过约定排除法定优先权。

4. 实务建议

• 完善借条条款：
  • 明确工程款的具体信息（项目名称、合同编号、发包方名称等）；
  • 附加借款人授权债权人直接向发包方主张债权的条款；
  • 约定违约责任（如逾期利息、律师费承担等）。
• 同步采取担保措施：要求借款人提供其他担保（如房产抵押、保证人担保），降低执行风险。
• 及时主张权利：工程款可能因结算、支付等流程产生争议，建议定期跟进工程进展，并在借款到期后立即启动法律程序。

总结：该条款本身不违法，但需满足“债务特定化”且不损害第三方利益的条件。为确保执行效力，建议通过法律程序实现债权，并提前完善借条条款及担保措施。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。