宅基地房产证姐妹之间自行签订协议是否有效，需分情况讨论：

1. 若协议内容仅涉及宅基地上房屋的分配或共有份额的确认，且不违反法律法规的强制性规定：

   • 姐妹之间作为家庭成员，对宅基地上的房屋享有合法的继承权或共有权。因此，她们可以就房屋的分配或共有份额进行协商，并签订书面协议。
   • 此类协议在双方真实意思表示一致，且不损害国家、集体或第三人利益的情况下，是有效的。但需要注意的是，协议最好经过公证或见证，以增强其法律效力，并在可能的情况下，办理相关的房屋权属变更登记手续。

2. 若协议内容涉及宅基地使用权的转让或变更：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，宅基地使用权属于农民集体所有，农民对宅基地仅享有使用权，而非所有权。宅基地使用权不能单独买卖或转让，但可在本集体经济组织内部成员之间流转，且必须遵循“地随房走”的原则，即宅基地使用权随房屋一并转移。
   • 姐妹之间若非同一集体经济组织成员，或协议内容违反了宅基地使用权流转的限制性规定，则此类协议是无效的。因为宅基地使用权的流转受到严格的法律限制，旨在保护农民的居住权益和土地资源的合理利用。

3. 若协议内容涉及宅基地的继承：

   • 宅基地上的房屋可以作为遗产被继承，但宅基地使用权本身不能继承。在房屋被继承的情况下，继承人可以取得房屋的所有权，并因此获得宅基地的使用权（但这种使用权是基于房屋所有权而取得的，并非独立的宅基地使用权）。
   • 姐妹之间可以就宅基地上房屋的继承签订协议，但协议内容应明确仅涉及房屋的继承，而非宅基地使用权的继承。同时，协议应符合继承法的相关规定，确保继承的合法性和有效性。

法律建议：

• 在签订任何涉及宅基地或房屋的协议前，建议姐妹双方充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容的合法性和有效性。
• 协议最好采用书面形式，并明确双方的权利和义务、违约责任等内容。在可能的情况下，可以寻求专业律师的协助，对协议进行审查和修改。
• 若协议涉及宅基地使用权的流转或房屋的继承等复杂问题，建议咨询当地土地管理部门或房地产登记机构，了解具体的操作流程和要求。

可能产生的法律后果：

• 若协议内容违反法律法规的强制性规定，可能导致协议无效或部分无效。在这种情况下，双方应返还因协议取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错方还需赔偿对方因此所受到的损失。
• 若因协议内容引发纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决争议。这将耗费双方的时间和精力，并可能产生额外的法律费用。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他关于房产纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。