结论：未办理施工许可证的行政处罚中，单位负责人的处罚和单位的处罚一般不可以做到一份处罚决定书中，而应分别制作处罚决定书。
分析说明：
行政处罚的独立性：
- 行政处罚是针对违法行为人作出的具体行政行为，每个违法行为人都应独立承担相应的法律责任。在未办理施工许可证的情况下，单位和单位负责人可能分别构成不同的违法行为主体，或者即使主体相同，也可能因违法行为的性质、情节等不同而需要分别处罚。
- 因此，从行政处罚的独立性原则出发，单位和单位负责人的处罚应当分别进行，并分别制作处罚决定书。
处罚决定书的制作要求：
- 处罚决定书是行政机关对违法行为人作出行政处罚的书面凭证，它应当明确、具体地记载违法行为人的姓名或名称、违法事实、处罚依据、处罚内容等事项。
- 如果将单位和单位负责人的处罚合并到一份处罚决定书中，可能会导致处罚决定书内容混乱、不明确，不利于违法行为人了解自己的违法情况和处罚依据，也不利于行政机关的执行和监督。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，行政机关会根据违法行为的性质、情节以及违法行为人的身份等因素，分别对单位和单位负责人进行调查、取证和处罚。
- 即使单位和单位负责人的违法行为存在关联或相似之处，行政机关也会根据各自的违法情况和处罚依据，分别制作处罚决定书，以确保处罚的公正性和合法性。
特殊情况说明：
- 虽然一般情况下单位和单位负责人的处罚应分别制作处罚决定书，但在某些特殊情况下，如单位负责人与单位构成共同违法主体，且违法情节、处罚依据等完全相同或高度相似时，行政机关可能会考虑将两者的处罚合并到一份处罚决定书中。然而，这种情况较为罕见，且需要严格的法律条件和程序要求。
建议与后果：
- 建议：对于未办理施工许可证的违法行为，单位和单位负责人应分别配合行政机关的调查和处理工作，如实陈述违法事实、提供相关证据材料，并按照行政机关的要求接受处罚。如有异议或不服处罚决定，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 后果：如果单位或单位负责人未按照行政机关的要求接受处罚或拒不履行处罚决定，行政机关可以依法采取强制执行措施或申请人民法院强制执行，并可能对单位或单位负责人处以更严厉的处罚或采取其他法律措施。
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