结论：普通高校就业协议书的盖章单位与签劳动合同的单位不一样，是否有问题需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、若盖章单位与劳动合同单位存在关联关系（如母子公司、总分机构等）
法律背景：
- 在关联企业间，若存在实际用工关系，且劳动者对用工主体变更知情并同意，通常不视为违法。例如，就业协议由母公司盖章，但实际录用你的是子公司，且子公司与你签订劳动合同，这种情况在实践中较为常见。
- 根据《劳动合同法》相关规定，劳动合同的签订主体应为实际用工单位。若盖章单位与实际用工单位不一致，但存在合法授权或委托关系（如集团内部调配），且劳动者无异议，则法律上可接受。
法律建议：
- 核实盖章单位与劳动合同单位的关系，要求用人单位出具书面说明（如集团内部调配通知、授权委托书等），明确实际用工主体及责任承担方。
- 保留就业协议、劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据，以备后续维权。
可能后果：
- 若关联关系合法且劳动者知情同意，一般无不良后果。
- 若用人单位未明确告知或劳动者不同意，可能引发争议（如要求确认劳动关系主体、主张未签劳动合同双倍工资等）。
二、若盖章单位与劳动合同单位无关联关系（如“挂靠”“代签”等）
法律背景：
- 就业协议与劳动合同的主体不一致，且无合法关联关系，可能涉嫌违法。例如，学校或第三方机构为促成就业，擅自盖章但未实际参与用工，而实际用工单位另行签订劳动合同。
- 根据《劳动合同法》第十条，建立劳动关系应当订立书面劳动合同，且劳动合同应由用人单位与劳动者协商一致后签订。若盖章单位非实际用工单位，可能构成“未签劳动合同”或“虚假用工”。
法律建议：
- 立即与实际用工单位沟通，要求重新签订劳动合同或出具书面说明，明确劳动关系主体。
- 若用人单位拒绝，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张确认劳动关系、补签劳动合同或要求赔偿。
可能后果：
- 劳动者可能面临维权困难（如社保缴纳主体不明、工伤认定主体争议等）。
- 用人单位可能承担行政处罚（如未签劳动合同罚款）或民事赔偿（如双倍工资、经济补偿等）。
三、特殊情形：三方协议与劳动合同的衔接
法律背景：
- 普通高校就业协议书（三方协议）通常由毕业生、学校、用人单位三方签订，旨在明确就业意向。而劳动合同是劳动者与用人单位建立劳动关系的正式合同。
- 若三方协议中的用人单位与劳动合同单位不一致，需区分情况：
- 若三方协议明确约定“实际用工单位为XX公司”，且劳动者同意，则合法。
- 若未明确约定，且劳动者不知情，可能构成违约或欺诈。
法律建议：
- 签订三方协议时，务必明确实际用工单位及岗位、薪资等核心条款。
- 签订劳动合同前，核对用人单位信息与三方协议是否一致，如有差异需重新协商并书面确认。
可能后果：
- 若三方协议与劳动合同主体不一致且未协商一致，劳动者可主张用人单位违约（如拒绝入职、要求赔偿等）。
- 用人单位可能面临学校或毕业生的索赔（如未履行就业推荐义务）。
总结：盖章单位与劳动合同单位不一致是否有问题，需结合关联关系、劳动者知情权、实际用工情况等因素综合判断。建议你：
- 核实两单位关系，要求用人单位出具书面说明；
- 保留所有就业相关文件（协议、合同、通知等）；
- 若存在争议，及时咨询专业律师或申请劳动仲裁。
如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询。