针对您提出的“运送导弹车辆司机违章怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，运送导弹这类敏感或危险物品的车辆，其运输管理通常受到更为严格的法规和监管。不过，若从一般性的违章处理流程角度，并结合您提供的参考信息中关于放射性物品运输车辆违章的处罚原则，我可以为您构建一个大致的处理框架。
一、违章行为的认定
运送导弹车辆的司机若存在违章行为，如未经批准运输、未按照指定时间、路线、速度行驶、未悬挂警示标志等，这些行为将首先由相关的交通管理部门或公安机关进行认定。认定过程将基于现场调查、监控录像、证人证言等多种证据。
二、处罚措施
行政处罚：
- 根据违章行为的严重程度，司机可能面临罚款、吊销驾驶证、暂扣车辆等行政处罚。罚款的数额可能根据具体法规和违章情节的严重性而有所不同，但通常会较为严厉，以体现对危险物品运输管理的严格性。
- 若违章行为构成犯罪，如非法运输危险物质罪，司机还将面临刑事责任的追究。
责令改正：
- 除了直接的处罚措施外，交通管理部门或公安机关还可能责令司机或相关运输企业限期改正违章行为，如重新规划运输路线、加强车辆安全检查等。
三、处理流程
受案与调查：
- 违章行为被发现后，将由违法行为地的公安机关或交通管理部门受理案件，并进行调查取证。调查过程将确保合法、及时、客观、全面地收集证据材料。
审查与告知：
- 调查结束后，相关部门将对案件进行审查，确定违章事实是否清楚、证据是否确实充分。在作出行政处罚决定前，还将告知司机拟作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知其依法享有的陈述权和申辩权。
决定与送达：
- 审查通过后，相关部门将作出处罚决定，并制作行政处罚决定书。决定书将载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或听证情况等内容，并送达给司机或相关运输企业。
执行与监督：
- 司机或相关运输企业应在行政处理决定的期限内履行处罚决定。逾期不履行的，作出行政处理决定的公安机关或交通管理部门可以依法强制执行或申请人民法院强制执行。同时，相关部门还将对处罚决定的执行情况进行监督，确保违章行为得到有效纠正。
四、特殊考虑
由于运送导弹等危险物品的特殊性，相关运输企业和司机在运输过程中应严格遵守国家关于危险物品运输的法律法规和安全标准。任何违章行为都可能对公共安全造成严重威胁，因此将受到更为严厉的处罚和监管。
综上所述，运送导弹车辆司机若存在违章行为，将面临严格的行政处罚和可能的刑事责任追究。同时，相关部门将按照法定流程对违章行为进行处理，确保公共安全得到有效保障。