当军车在公路上出现违规行为时，交警确实有权进行管理和处罚，并且这一过程中会涉及与军队相关部门的紧密沟通和协作。以下是对这一问题的详细解答：
交警的现场管理权
军车，尽管其身份特殊，但在道路上行驶时，同样必须严格遵守国家的道路交通安全法律、法规和相关规定。当执勤交警发现军车正在实施交通违法行为，如闯红灯、逆行、超速等，他们有权立即制止这些行为。为了维护现场的交通秩序，防止违法行为持续造成交通混乱或安全隐患，交警可以采取扣留军车驾驶员的驾驶证、行驶证，并开具暂扣凭证等措施。
后续处理流程
移交军队相关部门：交警在制止军车违法行为并确保现场安全后，会将军车的违法情况及相关证据材料及时移交给军队的警备部门。警备部门是专门负责处理军车和军人相关事务的机构，他们具备专业的知识和经验，能够依据军队内部的纪律条令和相关规定，对违法的军车驾驶员进行进一步的调查和处理。
军队部门的处理依据：军队对于军车驾驶员有一套独立且严格的规章制度。警备部门在接到交警移交的违法信息后，会根据这些规定对违法驾驶员进行相应的处罚。处罚措施可能包括批评教育、警告、记过等纪律处分，对于情节严重的违法行为，还可能会影响驾驶员的职务晋升、评优评先等。
交通事故处理：如果军车在行驶过程中发生交通事故，交警会按照相关程序迅速处理事故现场，认定事故责任。在涉及赔偿等民事部分时，将按照相关法律法规进行处理；而涉及军人违法违纪的部分，则会移交军队有关部门进行进一步处理。
交警的处罚权
在实际操作中，交警对军车的违章行为不仅有权进行查处，还可以依法对驾驶员进行处罚。这种处罚可能包括罚款、扣分，甚至在某些严重情况下，还可能涉及到吊销驾驶证或暂扣车辆等措施。这充分体现了交通法规对所有道路使用者的普遍约束力，无论军车还是地方车辆，只要违反交通法规，都应接受相应的处罚。
沟通与协调
由于军车的特殊性，其管理也涉及到军队的相关部门。因此，在处理军车违章问题时，交警部门会与军队相关部门进行必要的沟通和协调。这种沟通机制有助于确保处理的公正性和合理性，既维护了道路交通秩序和安全，又保障了所有道路使用者的合法权益。
综上所述，军车违章时，交警不仅有权进行管理和处罚，还会通过与军队相关部门的沟通和协作，确保处理的公正性和有效性。这是为了维护道路交通秩序和安全，保障所有道路使用者的合法权益而采取的必要措施。