用于经营的自建房要合法合规，核心在于满足土地、规划、建设、消防、环保及经营许可等多方面要求，具体如下：

1. 土地使用合法
   自建房所占土地必须通过合法途径取得使用权。如果是农村集体土地，需符合“一户一宅”原则，且土地用途为宅基地；若用于商业经营，可能需通过土地性质变更（如集体经营性建设用地入市）或租赁国有土地，并签订合法合同，确保土地使用性质与经营用途一致。

2. 规划审批合规
   自建房需符合当地城乡规划要求。建设前需向规划部门申请《建设工程规划许可证》，确保房屋位置、层数、面积、外观等符合规划条件。若涉及改建、扩建，也需重新报批，避免未批先建或超规划建设。

3. 施工建设合规
   房屋建设需由具备资质的施工单位承接，并签订书面合同。施工前需办理《建筑工程施工许可证》（部分小型工程可能豁免），施工过程需遵守安全规范，确保房屋结构安全。竣工后需通过验收，取得《竣工验收备案表》或相关证明。

4. 消防安全达标
   经营性自建房需满足消防安全要求。根据经营类型（如餐饮、住宿、仓储等），需配置消防设施（如灭火器、烟雾报警器、应急照明等），并确保疏散通道畅通。若建筑面积超过一定标准（如300平方米），可能需通过消防验收或备案。

5. 环保要求符合
   若经营涉及污染排放（如餐饮油烟、噪音、废水等），需办理环保审批手续，安装污染治理设施，确保达标排放。例如，餐饮店需安装油烟净化器，并通过环保部门验收。

6. 经营许可齐全
   根据经营行业，需办理相应许可证。例如，开餐馆需《食品经营许可证》，开旅馆需《特种行业经营许可证》，开诊所需《医疗机构执业许可证》等。无证经营可能面临罚款、停业等处罚。

7. 税务登记与合规
   经营需依法办理税务登记，按期申报纳税。若未按规定纳税，可能面临税务处罚，甚至影响经营资质。

温馨提示：若自建房已用于经营但未完全合规，建议尽快补办手续或整改，避免因违法被处罚或强制停业。如有具体问题（如土地性质变更、规划调整等），可直接向我咨询，我会结合当地政策为你详细解答。