如果公司申请了工伤但工伤认定没有通过，您可以采取以下步骤来应对：
一、了解不予受理或不予认定工伤的原因
首先，您需要仔细阅读人力资源和社会保障局（或相关社保行政部门）出具的《工伤认定申请不予受理决定书》或《工伤认定决定书》，明确不予受理或不予认定工伤的具体原因。这通常会在决定书中详细说明，比如可能涉及劳动关系证明不足、事故伤害不属于工伤范围、申请材料不齐全或不符合规定等。
二、根据原因采取相应措施
补充材料或证明：
- 如果是因为申请材料不齐全或不符合规定，您需要根据决定书中的要求，补充完善相关材料或证明，并重新提交工伤认定申请。
申请行政复议：
- 如果您认为人力资源和社会保障局的决定存在错误，比如错误地认为您与用人单位不存在劳动关系，或者错误地认定事故伤害不属于工伤范围等，您可以根据《工伤保险条例》第五十五条第(一)项和现行《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，向作出决定的行政机关的上一级行政机关（如区人民政府或市人力资源和社会保障局）申请行政复议。
- 行政复议是一种行政救济途径，通过复议机关对原行政行为的合法性、适当性进行审查，并作出复议决定，以纠正错误的行政行为。
提起行政诉讼：
- 如果您对行政复议结果仍然不服，或者您选择直接跳过行政复议程序，您可以在收到工伤认定决定书之日起6个月内，直接向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。
- 行政诉讼是通过司法程序对行政行为的合法性进行审查，并作出判决的一种救济途径。
三、注意事项
时效性：
- 无论是申请行政复议还是提起行政诉讼，都需要注意时效性。行政复议通常需要在收到决定书之日起60日内提出，而行政诉讼则需要在收到决定书之日起6个月内提出。逾期将可能丧失救济权利。
证据收集：
- 在申请行政复议或提起行政诉讼前，您需要充分收集和整理相关证据，以证明您的主张。这可能包括劳动合同、工资单、工作证、医疗诊断证明、事故现场照片等。
专业咨询：
- 由于工伤认定、行政复议和行政诉讼等程序涉及复杂的法律问题，建议您在必要时咨询专业律师或法律援助机构，以获取更详细、更专业的法律建议和帮助。
总之，如果公司申请了工伤但工伤认定没有通过，您不要慌张，而是应该仔细了解原因，并根据实际情况采取相应的措施来维护自己的合法权益。