在原告起诉后发现被告已死亡的情况下，处理方式需根据诉讼阶段及被告继承人情况综合判断，具体如下：

1. 若案件处于一审阶段且被告有继承人
   根据《民事诉讼法》第1五十条及《民法典》第1161条，原告可申请变更诉讼主体，将被告的继承人列为共同被告。需注意：

   • 继承人仅在继承遗产范围内承担责任，若放弃继承则无需担责；
     
   • 需提供被告死亡证明、亲属关系证明等材料，向法院申请变更当事人；
     
   • 若继承人下落不明，可能需公告送达并缺席审理。

2. 若案件处于一审阶段但被告无继承人或遗产
   根据《民事诉讼法》第154条，法院将裁定终结诉讼。此时原告可另寻救济途径：

   • 若争议涉及被告生前行为（如合同纠纷），可尝试与相关方协商解决；
     
   • 若涉及侵权赔偿，可核查是否有其他责任主体（如雇主、保险公司等）。

3. 若案件已进入二审或再审阶段
   根据《民事诉讼法解释》第55条，法院应裁定撤销原判决，发回重审并由一审法院变更当事人。重审中需重新举证质证，可能延长诉讼周期。

实务建议：

• 立即向法院提交被告死亡证明及继承人信息，避免因程序瑕疵导致诉讼中断；
  
• 若继承人拒绝配合，可申请法院调查被告遗产状况（如房产、银行存款等）；
  
• 关注诉讼时效问题，若因被告死亡导致诉讼中断，时效期间应重新计算。

风险提示：
若未及时变更诉讼主体，法院可能以“被告不明确”为由驳回起诉；若继承人放弃继承且无遗产，原告可能面临无法执行的风险。建议同步申请财产保全，锁定被告名下可供执行的财产。

如有具体案件细节（如继承人数、遗产范围等），可进一步向我说明，我将结合地域司法实践提供更精准的方案。