当检察院作出不批捕的决定时，这并不代表案件就此终结，而是标志着案件进入了新的处理阶段。以下是对检察院不批捕后卷宗及案件后续处理的详细解答：
一、公安机关的处理
立即释放或变更强制措施：
- 公安机关在接到检察院不批准逮捕的通知后，必须立即释放被拘留的人，这是法律对公民人身自由权利的保障。
- 若公安机关认为案件仍需继续侦查，且犯罪嫌疑人符合取保候审或监视居住的条件，可以依法采取这两种强制措施。取保候审通常适用于犯罪情节较轻、有悔罪表现等情形的嫌疑人；监视居住则可能适用于患有严重疾病、生活不能自理等特殊情况的嫌疑人。
继续侦查与重新报捕：
- 在取保候审或监视居住期间，公安机关不得中断对案件的侦查工作。
- 若公安机关在后续侦查中收集到新的证据或事实，证明犯罪嫌疑人符合逮捕条件，可以重新向检察院提请批准逮捕。
二、检察机关的监督与审查起诉
侦查监督：
- 检察院在作出不批捕决定后，会持续关注公安机关的后续处理情况，包括是否立即释放被拘留人、是否依法变更强制措施等，以确保法律得到正确执行。
- 如发现公安机关在处理过程中存在不当之处，检察院有权提出纠正意见。
审查起诉阶段的决策：
- 当案件侦查终结并移送检察院审查起诉时，检察院会对公安机关移送的全部案件材料进行细致审查。
- 检察院会根据案情和证据情况，决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉。若认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，则向法院提起公诉；若认为不构成犯罪或存在不起诉情形，则作出不起诉决定。
三、卷宗的处理
- 在检察院不批捕后，卷宗会继续由公安机关保管，并在后续侦查过程中不断补充和完善。
- 若案件进入审查起诉阶段，公安机关会将卷宗移送至检察院，由检察院进行进一步审查。
- 无论案件最终走向如何，卷宗都是记录案件全过程的重要法律文件，必须妥善保管和处理。
四、其他相关方的权益
被害人的权益保护：
- 被害人对检察院不批捕的决定不服时，可以在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。
- 在特定条件下，被害人还可以直接向人民法院提起自诉。
犯罪嫌疑人的权益：
- 犯罪嫌疑人在被不批捕后，有权要求公安机关立即释放或变更强制措施。
- 犯罪嫌疑人及其家属应及时咨询专业律师，以获取准确的法律建议和帮助。
五、总结与建议
- 检察院不批捕只是刑事诉讼中的一个阶段性决定，并不意味着案件就此结束。后续的处理方式会根据具体情况和法律规定来确定。
- 公安机关、检察机关以及被害人等各方应严格遵循法律规定，确保案件得到公正、合法的处理。
- 面对检察院不批捕的情况，当事人及其家属应保持冷静，积极配合相关部门的调查工作，并及时寻求专业律师的法律帮助。
希望以上解答能够为您提供清晰、详细、有深度的信息。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时联系专业律师。