针对您提出的问题，即子女与父母在一个户口上但土地合同分开，父母双亡后父母的土地是否会被收回，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，农村土地承包经营权是以“户”为单位取得的，并非个人遗产。这意味着，土地承包经营权并不直接归属于某个家庭成员个人，而是归属于整个农户家庭。因此，当农户家庭中的某一成员去世时，并不会导致土地承包经营权的直接转移或丧失，只要该农户家庭还有其他成员存在，他们就可以继续享有和经营这块土地。

然而，在您所描述的情况下，父母双亡，且子女虽然与父母在一个户口上，但土地合同是分开的，即子女并非父母承包户的家庭成员（在土地承包经营权的语境下）。根据相关法律法规和政策，如果承包户内家庭成员全部死亡，即“整户消亡”，那么该农户的土地承包经营权将因权利主体不存在而丧失。在这种情况下，承包地需由村集体收回，并按照相关规定重新发包。

具体来说，这里的“整户消亡”指的是土地确权证对应的这一户内所有家庭成员均离世，且户内无集体经济组织成员。只要满足这一条件，村集体就有权依法收回承包地，而不受确权证书到期时间的限制。这是因为土地承包经营权是以农户家庭为单位取得的，当农户家庭不存在时，其土地承包经营权自然也随之终止。

因此，针对您的情况，如果父母双亡后，其承包户内确实没有其他家庭成员（即子女并非该承包户的家庭成员），那么村集体是有权依法收回父母承包的土地的。这一做法符合相关法律法规和政策的规定，也是农村土地承包经营制度的基本原则之一。

最后，我想强调的是，虽然土地承包经营权不能继承，但子女作为父母的法定继承人，仍然可以继承父母的其他合法财产。同时，如果子女对土地承包经营权有异议或认为村集体的收回行为存在不当之处，可以通过法律途径进行维权。