结论：档案存档时若需注明不算工龄，需根据具体情况谨慎处理，通常不建议随意在档案中记载此类信息，但若因特殊原因必须记载，应通过规范的书面文件进行说明，并确保符合相关法律法规及政策要求。以下分情况详细说明：

1. 若为个人主动要求记载不算工龄
   工龄计算通常与社保缴纳、劳动合同、工资发放等实际工作情况相关，而非单纯由档案记载决定。若个人因特殊原因（如希望延迟退休、调整社保缴纳基数等）主动要求在档案中注明“不算工龄”，需注意：

   • 法律风险：工龄认定一般以实际工作年限为准，档案记载仅作为辅助材料。若档案记载与实际情况不符，可能影响社保权益、经济补偿等，甚至引发劳动争议。
     
   • 操作建议：若确需记载，应通过书面《情况说明》或《申请书》明确原因，并由单位盖章确认。例如：“本人XXX，因XXX原因，自愿申请在档案中注明XX年至XX年期间不算工龄，由此产生的法律后果由本人承担。”
     

2. 若为单位要求记载不算工龄
   单位无权随意更改或否定员工的实际工龄，除非存在法定情形（如员工严重违纪被除名、未实际提供劳动等）。若单位以档案记载为由拒绝认定工龄，需注意：

   • 法律风险：根据《劳动法》《劳动合同法》及《企业职工档案管理工作规定》，档案应真实反映员工的工作经历。单位若违规记载，可能面临行政处罚或劳动仲裁败诉风险。
     
   • 操作建议：员工可要求单位提供书面依据，并核对劳动合同、工资发放记录等材料。若单位坚持违规记载，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求更正档案并认定工龄。
     

3. 若因历史遗留问题需调整工龄记载
   部分员工可能因历史原因（如计划经济时期的“停薪留职”“下放”等）导致档案记载与实际工龄不符。此时需：

   • 收集证据：如原单位证明、工资单、社保记录等，证明实际工作年限。
     
   • 申请更正：向现单位或档案保管部门提交书面申请，附上证据材料，要求更正档案记载。若单位拒绝，可通过劳动仲裁或诉讼解决。
     

温馨提示：档案记载具有严肃性，任何修改或补充均需符合法律法规。若对工龄认定或档案记载有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细解答。