存疑不起诉的情况下，一般不可以直接申请扣押涉案物质，但存在例外情形。以下从不同角度为你详细分析：

一、存疑不起诉的基本含义与法律后果

存疑不起诉，是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这意味着，在法律上，被不起诉人并未被认定有罪，案件在刑事诉讼程序上暂时告一段落。

二、扣押物质的一般规定

扣押物质，通常是在刑事诉讼过程中，为了保全证据、防止犯罪嫌疑人转移财产等目的，由侦查机关依法采取的一种强制措施。扣押物质需要遵循严格的法律程序，并且通常与刑事诉讼的进程紧密相关。

三、存疑不起诉与扣押物质的关系

1. 一般原则：在存疑不起诉的情况下，由于案件并未进入审判阶段，且被不起诉人并未被认定有罪，因此，一般不可以直接申请扣押涉案物质。扣押物质通常是在刑事诉讼过程中，为了侦查、起诉等目的而采取的，存疑不起诉后，这些目的已经不存在或无法实现。

2. 例外情形：

   • 民事赔偿需求：如果存疑不起诉的案件涉及民事赔偿，且涉案物质与民事赔偿有直接关联，那么受害方可以通过民事诉讼程序，向法院申请财产保全或先予执行等措施，以扣押或冻结涉案物质，确保民事赔偿的实现。但这一过程需要通过民事诉讼程序进行，而非直接申请扣押。
   • 其他法律程序：在某些特殊情况下，如涉案物质可能涉及其他违法犯罪行为，或者需要作为其他案件的证据等，相关机关可能根据其他法律程序，对涉案物质进行扣押或处理。但这同样不是基于存疑不起诉的决定而直接进行的。

四、法律建议

1. 了解案件具体情况：如果你面临存疑不起诉的情况，并关心涉案物质的扣押问题，首先需要了解案件的具体情况，包括涉案物质的性质、价值、与案件的关系等。

2. 咨询专业律师：由于法律程序复杂且多变，建议你直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。

3. 关注民事赔偿：如果存疑不起诉的案件涉及民事赔偿，你可以考虑通过民事诉讼程序来维护自己的权益。在民事诉讼中，你可以向法院申请财产保全或先予执行等措施，以确保民事赔偿的实现。

总之，存疑不起诉的情况下一般不可以直接申请扣押涉案物质，但存在例外情形。如果你面临相关问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律帮助。