公司限制个人加班通常是合法的，但需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与合法性基础
《中华人民共和国劳动法》的相关规定：
- 第三十六条明确了国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度，并规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。
- 第四十一条规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因需延长的，在保障劳动者身体健康的条件下每日不得超过三小时，每月总计不得超过三十六小时。
《中华人民共和国劳动合同法》的相关条款：
- 第三十一条强调用人单位应严格执行劳动定额标准，禁止强迫或变相强迫劳动者加班。若安排加班，应按法律规定支付报酬。
二、公司限制个人加班的合法情形
基于工时制度与休息权保护：
- 公司拒绝个人加班请求，可以视为对法定工时制度的遵守，旨在保障员工的基本休息权益。只要这种拒绝没有违反法律的强制性规定（如超时加班），那么公司的行为就是合法的。
协商机制的体现：
- 根据《劳动法》第四十一条，加班需经工会与劳动者协商。公司单方面拒绝加班可以视为协商未果的结果，尤其是在没有紧急生产需求的情况下，这种拒绝是符合法律规定的。
防止变相强制加班的合规操作：
- 《劳动合同法》第三十一条禁止变相强迫加班。公司通过拒绝加班申请，客观上避免了以“自愿”名义实施强制加班的风险，这符合立法的本意。
三、特殊情况下的加班与限制
紧急生产任务下的例外处理：
- 如果遇到自然灾害、事故抢修等紧急情况，公司可以依法突破常规的协商程序安排加班，但必须事后补足审批手续并支付加班费。然而，这并不意味着公司可以随意限制或强制个人加班，而是在特定紧急情况下的例外处理。
绩效考核体系的关联性：
- 拒绝加班不应影响员工的正常绩效评定。如果公司将加班时长纳入考核指标，可能构成变相强制加班，此时员工可以通过劳动监察投诉来维护自己的权益。
四、员工权益保护与建议
- 了解自身权益：员工应了解自己的休息休假权和拒绝加班权，确保自己的合法权益不受侵犯。
- 与公司沟通：如果员工认为公司的加班限制不合理或影响了自己的正常工作，可以与公司进行沟通，寻求合理的解决方案。
- 法律途径维权：如果公司违反了相关法律法规，员工可以通过劳动监察投诉、申请劳动仲裁或在必要时提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，公司限制个人加班在大多数情况下是合法的，但必须确保这种限制没有违反法律的强制性规定，并且尊重了员工的协商权和休息权。如果员工对公司的加班限制有疑问或认为自己的权益受到了侵犯，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。