小型越野客车涉水保险公司是否拒赔合法，需分情况讨论，关键在于保险条款约定及事故具体情况。具体分析如下：

1. 若保险条款明确将“涉水”列为免责情形，且保险公司已尽到提示说明义务，则拒赔合法
   根据《保险法》第十七条，保险公司对免责条款需以加粗、加黑、单独提示等方式明确说明，否则该条款不生效。若车主投保时，保险公司已通过书面或口头形式明确告知“涉水导致发动机损坏不赔”，且车主签字确认，则保险公司有权拒赔。
   例如：车辆在积水路段行驶导致发动机进水，若保险条款明确排除此类风险，且车主无异议，则拒赔合法。

2. 若保险条款未明确排除“涉水”责任，或保险公司未尽提示说明义务，则拒赔可能违法
   若保险合同中未将“涉水”列为免责事项，或保险公司未对免责条款进行显著提示（如未加粗、未口头说明），则该条款对车主不产生约束力。此时，保险公司以“涉水”为由拒赔，可能构成违约，车主可通过诉讼或投诉要求赔偿。
   例如：车辆因暴雨积水被淹，若保险条款仅笼统约定“自然灾害”可赔，但未明确排除“涉水”，则保险公司应承担赔偿责任。

3. 若车主存在故意或重大过失（如二次启动发动机），保险公司可能部分拒赔
   即使保险条款未明确排除“涉水”责任，若车主在车辆进水后强行二次启动发动机，导致损坏扩大，保险公司可能以“车主未尽减损义务”为由，拒绝赔偿扩大部分的损失。但初始进水导致的损失仍需赔偿。
   例如：车辆涉水熄火后，车主未联系救援而强行启动，导致发动机报废，保险公司可能仅赔偿进水初期的损失。

建议行动：

• 立即核对保险合同中的“责任免除”条款，确认是否包含“涉水”相关内容；
  
• 检查投保时保险公司是否对免责条款进行了明确提示（如签字确认、录音录像等）；
  
• 若保险公司拒赔且您认为不合理，可收集证据（如现场照片、维修记录、沟通录音）向当地银保监会投诉，或直接向法院起诉。
  

如有进一步细节（如保险类型、事故经过等），可随时补充说明，我会为您具体分析。