拆迁补偿协议一式六份，但只有一份签字文件，这并不意味着其他五份就不合法。关键在于所有签字文件的内容是否一致，以及签字过程是否符合法律规定。以下从几个角度详细分析：

1. 协议份数与合法性的关系：

   • 拆迁补偿协议通常需要一式多份，这是为了确保各方当事人（如拆迁方、被拆迁方、相关部门等）都能持有协议原件，作为日后履行协议或解决纠纷的依据。
   • 协议的合法性并不取决于其份数，而是取决于协议的内容是否合法、双方当事人的意思表示是否真实、签字过程是否符合法律规定等。
   • 因此，即使只有一份签字文件，只要该文件内容合法、双方签字真实，且其他未签字的文件内容与之相同，那么这些文件在法律上也是具有效力的。但实际操作中，为了保障各方权益，通常建议所有份数的协议都进行签字确认。

2. 签字文件的法律效力：

   • 签字是确认协议内容、表示同意协议条款的重要方式。在拆迁补偿协议中，签字意味着双方对协议内容的认可和接受。
   • 如果只有一份签字文件，而其他文件未签字，那么从形式上看，未签字的文件似乎缺乏双方的确认。但如果这些未签字的文件与签字的文件内容完全一致，且双方在实际履行中均按照该协议执行，那么可以认为这些未签字的文件也具有法律效力。然而，这种做法存在法律风险，因为一旦发生纠纷，未签字的文件可能难以作为直接证据使用。

3. 实际操作建议：

   • 为了避免法律风险和纠纷，建议拆迁补偿协议的所有份数都进行签字确认。这样，无论哪一方需要，都能提供完整的、经过双方签字的协议原件。
   • 如果确实存在只有一份签字文件的情况，建议尽快补签其他份数的协议，或者通过其他方式（如书面确认、录音录像等）来确认双方对协议内容的认可和接受。

4. 法律后果：

   • 如果因为只有一份签字文件而导致协议在履行过程中出现纠纷，那么未签字的文件可能难以作为直接证据来支持某一方的主张。这可能导致纠纷解决过程变得复杂和漫长。
   • 在极端情况下，如果未签字的文件内容与签字的文件内容存在差异，且双方对此无法达成一致，那么可能需要通过法律途径来解决纠纷，这无疑会增加双方的成本和风险。

总结来说，拆迁补偿协议一式六份但只有一份签字文件并不直接决定其他文件的合法性。关键在于协议内容是否合法、双方意思表示是否真实以及签字过程是否符合法律规定。为了保障各方权益和避免法律风险，建议所有份数的协议都进行签字确认。如果您在拆迁补偿协议方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。