结论：针对您提出的“院里五十年的大树不能砍伐但是邻居有意见”的问题，这主要涉及到树木保护、相邻关系以及可能的侵权纠纷。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、树木保护的法律视角
树木保护规定：
- 根据相关法律法规，对于具有历史价值、文化价值或生态价值的古树名木，通常会有严格的保护措施，禁止随意砍伐。如果这棵五十年的大树被认定为古树名木或受到其他形式的保护，那么砍伐行为确实可能受到限制。
法律后果：
- 如果未经许可砍伐受保护的树木，可能会面临行政处罚，如罚款、责令补种等。在严重情况下，还可能构成犯罪，如非法采伐、毁坏国家重点保护植物罪，从而承担刑事责任。
二、相邻关系的法律视角
相邻权原则：
- 根据《民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。这意味着，您和邻居在享受各自不动产权益的同时，也应尊重对方的合法权益。
解决相邻纠纷的方式：
- 协商：首先，您可以尝试与邻居进行友好协商，了解他们的具体意见和诉求，共同寻找解决方案。例如，可以讨论是否可以通过修剪树枝、加固树木等方式来减少对邻居的影响。
- 调解：如果协商无果，您可以考虑邀请社区调解委员会或相关机构进行调解。调解是一种非诉讼的纠纷解决方式，有助于双方达成和解协议。
- 诉讼：在协商和调解均无法解决问题的情况下，您可以考虑通过法律途径解决纠纷。但请注意，诉讼应作为最后的选择，因为它可能耗费大量的时间和精力。
三、侵权纠纷的法律视角
侵权构成要件：
- 如果邻居认为大树的存在对其造成了损害（如树枝折断砸坏房屋、影响采光等），并主张您承担侵权责任，那么需要满足侵权责任的构成要件：即存在侵权行为、造成损害后果、侵权行为与损害后果之间存在因果关系、以及您存在过错。
法律建议：
- 评估损害：首先，您可以与邻居一起评估大树是否确实对其造成了损害，以及损害的程度和范围。
- 采取措施：如果评估结果显示大树确实对邻居造成了损害，您可以考虑采取合理措施来减少或消除损害，如修剪树枝、加固树木等。
- 法律责任：如果邻居坚持要求您承担侵权责任，并且您认为自己的行为并不构成侵权，那么您可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。在这种情况下，您可能需要提供证据来证明自己的行为是合理的，并且没有造成不必要的损害。
进一步思考：在处理这类问题时，除了考虑法律因素外，还应注重邻里关系的和谐与稳定。通过友好协商和相互理解，往往能够找到更加妥善的解决方案。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。