核心结论：面对政府指出耕地违规种植并要求自行处理的情况，您需要先明确违规事实，再根据实际情况采取相应措施，包括自行整改、申请复议或诉讼等。以下是具体分析：
确认违规事实与依据
- 首先，您需要向政府相关部门（如农业农村局、自然资源局等）明确了解违规种植的具体事实、依据的法律法规以及整改要求。这有助于您准确判断自身行为的合规性，并为后续处理提供依据。
- 例如，政府可能依据《土地管理法》、《农村土地承包法》或地方性法规，指出您在耕地上种植了非农作物、改变了土地用途或违反了种植结构调整政策等。
自行整改与报告
- 如果确认存在违规行为，您应按照政府要求的时间节点和标准，自行进行整改。这可能包括移除非农作物、恢复土地原状或调整种植结构等。
- 整改完成后，及时向政府相关部门报告整改情况，并申请验收。这有助于您避免进一步的法律责任，并维护与政府的良好关系。
申请行政复议或提起行政诉讼
- 如果您认为政府的认定存在错误或不合理，可以在收到整改通知后的一定期限内（通常为60日），向上一级行政机关申请行政复议。
- 如果对行政复议结果仍不满意，您还可以在收到复议决定后的一定期限内（通常为15日），向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
寻求法律帮助与咨询
- 在处理此类问题时，如果您感到困惑或不确定如何操作，可以随时向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助，包括分析违规事实、制定整改方案、准备复议或诉讼材料等。
预防未来违规
- 为了避免未来再次出现类似问题，建议您加强对相关法律法规的学习和了解，确保自己的种植行为符合政策要求。
- 同时，与政府相关部门保持良好沟通，及时了解政策动态和种植结构调整要求，以便及时调整自己的种植计划。