结论概述：承包人作为自然人，在收到1000万工程款后，需要缴纳的税款主要包括增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加以及个人所得税。具体税额需根据各项税费的税率及计税依据来计算。

详细分析：

1. 增值税：

   • 根据现行税法，自然人提供建筑服务，应按照3%的征收率计算缴纳增值税（在特定情况下，如小规模纳税人月销售额未超过10万元等，可能享受免税政策，但此处假设不享受免税）。
   • 计算公式：增值税 = 工程款 / (1 + 3%) * 3%
   • 计算结果：增值税 ≈ 1000万 / (1 + 3%) * 3% ≈ 29.13万元

2. 城市维护建设税：

   • 城市维护建设税以纳税人实际缴纳的增值税为计税依据，税率根据纳税人所在地不同而有所差异，一般为7%（市区）、5%（县城、镇）或1%（不在市区、县城或镇的）。
   • 假设税率：7%（市区）
   • 计算公式：城市维护建设税 = 增值税 * 7%
   • 计算结果：城市维护建设税 ≈ 29.13万 * 7% ≈ 2.04万元

3. 教育费附加和地方教育附加：

   • 教育费附加和地方教育附加同样以纳税人实际缴纳的增值税为计税依据，费率分别为3%和2%（具体费率可能因地区而异，但此处采用常见费率）。
   • 计算公式：教育费附加 = 增值税 * 3%；地方教育附加 = 增值税 * 2%
   • 计算结果：教育费附加 ≈ 29.13万 * 3% ≈ 0.87万元；地方教育附加 ≈ 29.13万 * 2% ≈ 0.58万元

4. 个人所得税：

   • 自然人取得工程款收入，应按照“经营所得”项目计算缴纳个人所得税。
   • 计税依据：应纳税所得额 = 工程款 - 成本、费用及损失等（此处简化处理，假设无其他扣除项，实际计算时需考虑各项扣除）。
   • 税率及速算扣除数：根据应纳税所得额的不同，适用5%至35%的超额累进税率，并对应相应的速算扣除数。
   • 简化计算（假设无成本、费用及损失等扣除）：由于具体应纳税所得额未知，且个人所得税计算较为复杂，需根据具体数额查找对应税率和速算扣除数。但为简化说明，若假设应纳税所得额接近工程款全额（实际应扣除相关成本等），且处于较高税率档次，如30%税率档（应纳税所得额超过10万元至30万元部分），则：
     • 估算公式（仅作示意）：个人所得税 ≈ 应纳税所得额 * 30% - 速算扣除数（该档速算扣除数为40500元，但实际计算需根据确切应纳税所得额）
     • 由于无法精确计算，此处仅指出需按经营所得计算，并建议根据实际应纳税所得额查找税率表计算。若以简化方式估算一个较高可能的税额（非精确计算）：假设应纳税所得额为800万（实际应远低于此，因需扣除成本等），则个人所得税可能远高于按此简化方式计算的数额，但实际应依据税法规定精确计算。
     • 更合理的估算方式（考虑成本等扣除后）：由于自然人承包工程通常会有成本、费用等扣除，假设扣除后应纳税所得额为200万（此数为假设，实际需根据具体情况确定），则根据税率表，可能适用20%或更高税率（具体需查表），此处假设适用20%税率档（应纳税所得额超过10万元至30万元部分实际为30%税率，但为说明问题，假设一个较低档次的估算，实际应更高）：个人所得税 ≈ 200万 * 20% - 对应速算扣除数（该档实际不适用，仅为说明）≈ 40万（实际应更高，因未考虑更高税率档次）。实际计算时，必须根据确切的应纳税所得额查找税率表并计算。
     • 为给出具体数值参考（非精确）：若粗略估算，不考虑具体扣除和税率档次，仅作非常粗略的示意，假设个人所得税占工程款的比例为10%（实际应更低，因可扣除成本等），则个人所得税 ≈ 1000万 * 10% = 100万（此数为非常粗略估算，实际应依法精确计算）。
     • 精确计算建议：应详细记录所有成本、费用等扣除项，根据应纳税所得额查找个人所得税税率表，并计算应纳税额。

综合计算（仅增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加的精确计算，个人所得税需精确计算）：

• 增值税：29.13万元
• 城市维护建设税：2.04万元
• 教育费附加：0.87万元
• 地方教育附加：0.58万元
• 合计：32.62万元（不含个人所得税，个人所得税需根据实际应纳税所得额精确计算）

建议：

• 由于个人所得税的计算较为复杂，且需考虑诸多扣除项，建议承包人咨询专业税务人员或机构，以准确计算应纳税额。
• 在实际操作中，应确保所有成本、费用等扣除项都有合法有效的凭证，以便在计算应纳税所得额时进行扣除。

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