工厂上班时间超过十二小时，在未经特定程序和批准的情况下，是违法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、一般情况下的不合法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家明确实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（一般为四十小时）的工时制度。因此，在常规情况下，工厂要求员工每天工作十二小时，显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。

二、特殊情况下的合法性分析

尽管一般情况下工厂要求员工每天工作十二小时是违法的，但在某些特殊情况下，这种安排可能被视为合法。具体包括：

1. 综合计算工时工作制：

   • 部分企业因工作性质特殊，如连续作业或受季节及自然条件限制，可采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。
   • 在此制度下，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但综合计算周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间（例如，一个月约为167小时）。
   • 企业实行此类工时制需经过劳动行政部门的审批，否则仍属违法。

2. 不定时工作制：

   • 对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可实行不定时工作制。
   • 在此制度下，企业可不执行每日工作不超过8小时的规定，但也需经过劳动行政部门审批。

3. 加班的合法性：

   • 用人单位因生产经营需要，可与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。
   • 超出此范围的加班均属违法，即使与劳动者协商一致也不能违反法律规定。若工厂与工会和劳动者协商一致，并且支付了相应的加班工资，那么超出八小时之外的工作时间属于加班时间。例如，员工每日工作十二小时，其中八小时为正常工作时间，另外四小时属于加班时间。但每月总的加班时长不得超过三十六小时，并依法支付加班费，这种安排在一定程度上是合法的。

4. 紧急情况下的例外：

   • 在自然灾害、事故或其他紧急情况威胁劳动者生命健康和财产安全时，为紧急处理而延长工作时间不受上述限制。
   • 但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。

三、法律责任与救济途径

• 法律责任：若用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。若用人单位未按时足额支付劳动报酬、加班费等，还可能面临更严重的法律责任，如支付赔偿金等。

• 救济途径：

  • 向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉，请求其对工厂的违法行为进行查处。劳动监察部门将依法进行调查，并要求工厂改正违法行为，同时可能给予工厂相应的行政处罚。
  • 通过劳动仲裁等途径维权：劳动者还可以通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求工厂支付加班工资、经济补偿等应得权益。劳动仲裁委员会将依据事实和法律进行裁决，确保劳动者的合法权益得到保护。

四、建议与提醒

• 工厂应严格遵守法律法规：合理安排员工的工作时间和休息时间，避免违法延长工作时间。若因生产经营需要延长工作时间，应确保符合法律规定并经过相应审批程序。
• 劳动者应增强法律意识：了解自己的合法权益和维权途径，在面对工厂的违法行为时，应勇敢站出来，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，工厂上班时间超过十二小时在一般情况下是不合法的。但在特定情况下，如经劳资双方协商、劳动部门批准实行特殊工时制度，或因不可抗力因素影响导致需要紧急处理等情况，工作十二小时可能被视为合法。但无论如何，都必须确保劳动者的休息权和健康权得到充分保障，并依法支付相应的加班报酬。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。