违反《公司法》第十六条的担保合同，其效力并非绝对无效，而是取决于多种因素，包括担保人身份、相对人是否善意以及是否存在越权担保等情形。以下是对这一问题的详细分析：
一、《公司法》第十六条的核心内容
《公司法》第十六条规定了公司为他人提供担保的相关程序，即需依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会作出决议，并对公司章程中规定的担保总额及单项担保的数额进行限额管理。这一条款主要是对公司内部决策程序的规定，旨在保护公司股东和债权人的利益，防止公司管理层滥用职权进行不当担保。
二、担保合同效力的认定
一般原则：
- 主流观点认为，《公司法》第十六条并非效力性强制性规范，而是管理性强制性规范。因此，公司法定代表人超越权限订立的担保合同，并不必然导致合同无效。
- 担保合同的效力主要取决于相对人是否为善意，即相对人在订立合同时是否知道或应当知道法定代表人超越了权限。
相对人善意的认定：
- 相对人善意是指其在订立担保合同时，对董事会决议或股东会、股东大会决议进行了合理审查，且决议的表决程序符合《公司法》或公司章程的规定。
- 如果公司有证据证明相对人知道或应当知道决议系伪造、变造，或者法定代表人超越权限且相对人未尽到合理审查义务，则不能认定为善意。
特殊情形：
- 如果担保人为公司股东或实际控制人，即使存在反担保，也不能免除其因违规担保而应承担的责任。这是因为股东或实际控制人往往对公司有更大的影响力，更容易利用职权进行不当担保。
- 对于上市公司而言，若对外担保未经董事会或股东大会审议通过，或违反了相关监管规定，该担保可能被视为违规担保，并可能面临监管处罚和投资者法律救济。
三、担保合同无效后的责任承担
主合同有效而担保合同无效：
- 如果债权人无过错，担保人与债务人对主合同债权人的经济损失承担连带赔偿责任。
- 如果债权人、担保人有过错，担保人承担的民事责任不超过债务人不能清偿部分的二分之一。
主合同无效导致担保合同无效：
- 如果担保人无过错，担保人不承担民事责任。
- 如果担保人有过错，担保人承担的民事责任不超过债务人不能清偿部分的三分之一。
四、实际案例与法律建议
在实际操作中，违反《公司法》第十六条的担保合同效力问题复杂多变。例如，曾有案例涉及公司法定代表人未经股东会决议，擅自以公司名义为他人提供担保。后因债务人无法偿还债务，债权人起诉要求公司承担担保责任。法院在审理时，重点审查了相对人是否善意、是否尽到了合理审查义务等因素，最终根据具体情况判定了担保合同的效力及责任承担。
建议：
- 在签订担保合同时，各方应仔细审查合同条款，确保符合《公司法》和公司章程的规定。
- 相对人应要求担保人提供董事会决议或股东会、股东大会决议等文件，并进行合理审查，以证明自身善意。
- 如果发现担保合同存在违规情形，应及时采取法律措施维护自身权益。
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