针对您提出的“农业虚开发票50万怎么处罚”的问题，这涉及到我国《中华人民共和国刑法》中关于虚开发票罪的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：
一、虚开发票罪的法律规定
根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条及相关司法解释，虚开发票罪是指为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票的行为。这种行为严重扰乱了税收征管秩序，损害了国家税收利益，因此受到法律的严厉制裁。
二、量刑标准与处罚
对于虚开发票罪，法律根据虚开的税款数额及情节严重程度设定了不同的量刑标准：
虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票：
- 若虚开的税款数额在50万元以上不满250万元，属于“数额较大”，可处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
虚开普通发票：
- 虚开发票金额累计在40万元以上通常被视为情节严重，但具体到50万元的情况，虽未直接达到“情节特别严重”的标准（如虚开发票500份以上或虚开金额累计在200万元以上），但已明显超过情节严重的起点，因此可能面临二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金的处罚。不过，若该50万元虚开行为伴随其他严重情节（如多次虚开、造成重大税收损失等），则可能被认定为情节特别严重，从而面临更重的刑罚。
三、具体处罚的考量因素
在实际司法实践中，法院在量刑时会综合考虑多种因素，包括但不限于：
- 虚开发票的具体金额：50万元是一个重要的量刑节点，但并非唯一决定因素。
- 情节严重程度：如是否多次虚开、是否造成国家税收重大损失、是否有其他违法犯罪行为等。
- 犯罪主体的身份：如是否为单位犯罪、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的具体责任等。
- 自首、立功等情节：若犯罪嫌疑人自首或立功，可能从轻或减轻处罚。
四、建议与注意事项
- 严格遵守税法规定：企业和个人在经营活动中应确保发票的真实性和合法性，避免虚开发票等违法行为。
- 建立健全财务管理制度：通过完善的财务管理制度来规范发票的开具、接收和保管等环节。
- 及时咨询专业律师：若涉及虚开发票等税收违法问题，应及时咨询专业律师以了解具体法律责任和应对策略。
综上所述，农业虚开发票50万元的处罚取决于多种因素，包括发票类型、虚开金额、情节严重程度等。在实际操作中，法院会根据具体情况结合相关法律规定和量刑标准作出公正合理的判决。因此，建议您严格遵守税法规定，避免触碰法律红线。