结论：二手房买卖中，过户时办理抵押公证委托且委托期限设定为99年的做法，存在合法性风险，不建议采用。 以下是具体分析：

1. 抵押公证委托的合法性基础
   抵押公证委托本身是合法的法律行为，指房屋所有权人（委托人）通过公证方式授权他人（受托人）代为办理房屋抵押、过户等手续。其合法性需满足两个条件：

   • 委托内容合法：委托事项不得违反法律强制性规定（如禁止流通物抵押、虚假交易等）；
     
   • 委托期限合理：委托期限应与实际需求匹配，过长期限可能被认定为“流押条款”或损害委托人利益。

2. 委托期限99年的法律风险

   • 违反《民法典》关于委托合同的规定：
     根据《民法典》第九百三十三条，委托合同是诺成、不要式合同，但期限应由双方协商确定。实践中，委托期限通常与交易目的相关（如贷款期限、过户流程时间），99年远超合理范围，可能被认定为“期限约定不明”或“显失公平”，导致委托合同部分无效。
     
   • 涉嫌“流押条款”：
     若委托书中约定“受托人有权在债务到期时直接处置房屋”，且未明确处置条件（如债务金额、清偿程序），可能违反《民法典》第四百零一条（禁止流押），即“抵押权人在债务履行期限届满前不得与抵押人约定债务人不履行到期债务时抵押财产归债权人所有”。
     
   • 损害委托人权益：
     长期委托可能导致委托人丧失对房屋的实际控制权，受托人可能滥用权力（如擅自抵押、出售房屋），而委托人难以通过法律途径撤销委托（除非能证明受托人违约或存在欺诈、胁迫等情形）。

3. 过户与抵押公证委托的关联性
   在二手房买卖中，过户和抵押通常是两个独立环节：

   • 过户：需买卖双方到场（或委托他人代办），核验房屋产权、税费缴纳等；
     
   • 抵押：若买方需贷款，需以房屋作为抵押物，银行会要求办理抵押登记。
     若将两者合并至一份委托书中，需明确区分委托事项（如“仅授权代办过户”或“授权代办过户及抵押登记”），并避免将抵押权直接赋予受托人（除非受托人为银行或正规金融机构）。

4. 合规建议

   • 缩短委托期限：根据实际交易需求设定合理期限（如贷款期限+3个月缓冲期）；
     
   • 明确委托范围：在委托书中详细列明代办事项（如“代为签订买卖合同、代收房款、代办过户登记”），避免使用“全权委托”等模糊表述；
     
   • 附加撤销条件：约定委托人可随时撤销委托的条件（如受托人违约、交易终止等）；
     
   • 公证与登记结合：抵押需办理抵押登记才生效，仅公证委托无法直接设立抵押权，需配合抵押合同和登记手续。

总结：委托期限99年的抵押公证委托因期限过长、可能违反流押禁止规定，存在合法性风险。建议根据实际交易需求设定合理期限，并明确委托范围和撤销条件，必要时咨询专业律师起草合规文件。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。