如果员工因吃回扣被公司发现，可能会面临一系列的法律和内部管理后果，具体处理方式取决于公司的规章制度、回扣的性质和金额，以及是否涉及违法犯罪行为。以下是从不同角度为你详细分析：
一、公司内部处理
纪律处分：
- 根据公司的规章制度，吃回扣通常属于严重违反职业道德和公司纪律的行为。公司可能会根据内部规定，给予警告、记过、降职、撤职甚至开除等纪律处分。
追回损失：
- 如果回扣行为给公司造成了经济损失，公司有权要求员工赔偿这部分损失。这可能包括直接的经济损失，以及因回扣行为导致的间接损失，如商业机会的丧失等。
内部调查与报告：
- 公司可能会启动内部调查程序，以查明回扣的具体情况，包括涉及的人员、金额、时间等。调查结果可能会作为公司处理该事件的依据，并可能向相关部门或机构报告。
二、法律后果
民事责任：
- 如果回扣行为违反了合同或法律规定，员工可能需要承担民事责任，如赔偿公司因回扣行为遭受的损失。
行政责任：
- 在某些情况下，如果回扣行为违反了行政法规或规章，员工可能会受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。不过，这种情况通常更适用于涉及公共利益或市场秩序的回扣行为。
刑事责任：
- 如果回扣行为构成犯罪，如非国家工作人员受贿罪或受贿罪（如果员工具有国家工作人员身份），员工可能会面临刑事指控和刑罚。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非国家工作人员受贿罪可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产。受贿罪则根据受贿数额和情节严重程度，可处更严厉的刑罚。
三、建议与应对措施
主动承认错误：
- 如果员工意识到自己吃了回扣，并且公司尚未发现，主动向公司承认错误并退还回扣可能是减轻处罚的一种方式。这显示了员工的诚意和悔改态度。
配合调查：
- 如果公司已经启动调查程序，员工应积极配合调查，提供真实、准确的信息和证据。这有助于公司查明事实真相，并可能对员工从轻处理。
寻求法律帮助：
- 如果员工面临刑事指控或严重的民事纠纷，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工维护自己的合法权益。
反思与改正：
- 无论处理结果如何，员工都应深刻反思自己的行为，认识到吃回扣的严重性和危害性。同时，应积极采取措施改正错误，避免再次发生类似行为。
最后，我想强调的是，吃回扣是一种不道德且可能违法的行为。它不仅损害了公司的利益，也破坏了市场的公平竞争环境。因此，我建议所有员工都应遵守职业道德和法律法规，远离任何形式的回扣行为。如果你有任何关于公司法务或股权转让、涉外法律领域的问题，都可以直接向我咨询。