建设工程施工合同专用条款存在矛盾时，合同履行应遵循以下原则及步骤：

1. 优先适用法定解释规则
   根据《民法典》第142条及第466条，合同条款解释应遵循以下顺序：

   • 文义解释优先：若矛盾条款可通过文字语义明确区分主次（如总价与单价矛盾时以总价为准），应优先采用明确条款；
     
   • 目的解释补充：结合合同目的、行业惯例及交易习惯判断条款真实意图（如工期条款与付款条款冲突时，需分析哪项更符合工程进度需求）；
     
   • 不利解释原则：若矛盾由格式条款引发，应作出对提供格式条款方不利的解释（《民法典》第498条）。

2. 分情况处理矛盾条款

   • 条款效力层级冲突：
     若专用条款与通用条款矛盾，根据《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）第1.5条，专用条款优先于通用条款；
     若补充协议与主合同矛盾，根据《民法典》第543条，补充协议效力高于主合同，但需以双方真实意思表示为前提。
     
   • 条款内容逻辑冲突：
     例如质量标准与验收程序矛盾时，应同时满足质量标准（实体性条款）与验收程序（程序性条款），若无法兼顾则需通过补充协议明确优先级。
     
   • 条款遗漏与矛盾并存：
     若合同存在未约定事项且条款矛盾，可依据《民法典》第510条（协商补充）及第511条（法定填补规则）处理，例如工期未约定时按合理工期确定。

3. 履行中的风险防控措施

   • 书面确认优先：发现矛盾后应立即以书面形式向对方提出异议，并要求对方出具书面确认文件（如会议纪要、补充协议）；
     
   • 证据固定：保存施工日志、监理报告、往来函件等证据，证明己方已按合理方式履行合同；
     
   • 第三方介入：若双方无法协商一致，可申请工程所在地建设行政主管部门调解，或依据合同约定申请仲裁/诉讼（需注意仲裁条款效力）。

实务建议：

• 签订合同前应委托专业律师审核条款，避免矛盾条款进入合同；
  
• 履行过程中发现矛盾时，切勿单方面停止施工或变更设计，否则可能构成违约；
  
• 若矛盾导致合同目的无法实现，可依据《民法典》第563条主张解除合同，但需承担举证责任。
  

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