结论：户籍所在地与实际居住地不一致时，管辖权异议的提出及处理需根据具体案件类型（民事、刑事或行政）以及相关法律规定来确定。以下我将从民事、刑事和行政诉讼三个角度为你详细分析。
一、民事诉讼中的管辖权异议
在民事诉讼中，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，一般由被告住所地人民法院管辖。但当被告的户籍所在地与实际居住地不一致时，若被告已离开户籍所在地并在实际居住地连续居住满一年以上（需有相关证明，如居住证、社区证明等），则实际居住地可视为其经常居住地，此时应由经常居住地人民法院管辖。
举例说明：假设甲户籍在A地，但长期在B地居住并工作，且已连续居住满一年以上。若甲与乙发生民事纠纷，乙欲起诉甲，则乙应向B地（甲的实际居住地）人民法院提起诉讼，而非A地（甲的户籍所在地）人民法院。若乙错误地向A地人民法院提起诉讼，甲有权提出管辖权异议，要求将案件移送至B地人民法院审理。
二、刑事诉讼中的管辖权
在刑事诉讼中，管辖权主要依据犯罪地来确定。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。因此，户籍所在地与实际居住地不一致，通常不影响刑事诉讼的管辖权确定。但若犯罪嫌疑人或被告人的实际居住地与犯罪行为或结果有密切联系（如犯罪行为发生在实际居住地），则实际居住地的人民法院也可能具有管辖权。不过，这种情况相对复杂，需结合具体案情和法律规定来判断。
特殊情况：对于某些特定类型的犯罪（如网络犯罪），由于犯罪行为可能跨越多个地区，管辖权的确定可能更加复杂。此时，需根据相关法律规定和司法解释，结合犯罪行为的性质、情节以及影响范围等因素来综合判断。
三、行政诉讼中的管辖权
在行政诉讼中，根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，一般由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。但若经复议的案件，复议机关改变原行政行为的，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。对于户籍所在地与实际居住地不一致的情况，若行政行为直接针对的是个人的户籍信息或与户籍相关的权益（如户籍迁移、身份证办理等），则户籍所在地人民法院可能具有管辖权。但若行政行为与个人的实际居住地有更直接的联系（如对实际居住地的房屋进行拆迁、对实际居住地的环境进行处罚等），则实际居住地的人民法院也可能具有管辖权。
建议：
最后，户籍所在地与实际居住地不一致时，管辖权异议的提出及处理需根据具体案件类型和相关法律规定来确定。如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。