针对您提出的三方协议盖成了部门章的问题，这确实是一个需要注意的流程细节。三方协议作为毕业生、用人单位和学校三方共同签署的就业意向协议，其盖章环节至关重要，因为它直接关系到协议的法律效力和正式性。

首先，我们需要明确的是，三方协议通常需要加盖的是用人单位的公章或合同专用章，而不是部门章。部门章一般仅代表该部门的行为，并不具备代表整个用人单位的法律效力。因此，如果三方协议上盖的是部门章，可能会存在被用人单位或学校认为协议无效的风险。

针对您的情况，我建议您采取以下步骤进行处理：

1. 与用人单位沟通：

   • 第一时间与用人单位的人力资源部门或相关负责人取得联系，说明情况，并询问是否可以重新加盖公章或合同专用章。
   • 强调三方协议的重要性和法律效力，以及部门章可能带来的问题，争取用人单位的理解和支持。

2. 准备重新签署或补盖：

   • 如果用人单位同意重新签署或补盖公章，您需要按照用人单位的要求，准备相应的材料（如原协议、新协议等）并前往用人单位进行办理。
   • 在重新签署或补盖时，务必确保所有条款和内容都与原协议一致，避免出现任何歧义或误解。

3. 与学校沟通：

   • 在与用人单位沟通的同时，您也需要及时与学校的就业指导中心或相关负责老师取得联系，说明情况并咨询学校的意见。
   • 学校可能会要求您提供重新签署或补盖后的协议作为证明，以便进行后续的毕业去向登记和户档手续办理。

4. 关注后续流程：

   • 在完成重新签署或补盖后，您需要按照学校的流程要求，及时回传或提交新的协议给学校进行审核。
   • 同时，您也需要关注毕业去向登记和户档手续办理的进度，确保所有流程都能顺利进行。

最后，我想强调的是，三方协议的签署和盖章环节非常重要，它关系到您的就业权益和学校的就业管理工作。因此，在签署和盖章前，请务必仔细阅读协议条款，了解盖章的要求和流程，避免出现类似的问题。如果遇到任何疑问或困难，请及时与用人单位或学校沟通寻求帮助。