工厂在员工自离后不发工资是违法的。劳动者为工厂提供了劳动，无论是否提前通知离职，都有权获得其应得的劳动报酬，工厂不能以自离为由克扣或拒付工资。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款强调了用人单位支付工资的义务，不受劳动者离职方式的影响。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条：劳动者有权利提前通知用人单位后解除劳动合同。若员工未按照法定程序提前通知，用人单位虽可以要求员工承担相应的赔偿责任，但这并不构成拒付工资的理由。赔偿与工资支付是两个独立的法律关系。
3. 《工资支付暂行规定》第九条：进一步规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这确保了劳动者在离职时能够及时获得应得的报酬。

二、劳动者权益与应对措施

• 劳动报酬权：劳动者在付出劳动后，无论离职原因如何，均有权获得应得的劳动报酬。这是劳动者的基本权益，受法律保护。
• 维权途径：若工厂以自离为由拒绝支付工资，劳动者可以通过以下合法途径维护自己的权益：
  • 协商：首先尝试与工厂进行友好协商，要求其支付工资。
  • 投诉：向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令工厂限期支付工资。
  • 仲裁：若协商和投诉均无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求工厂支付工资及可能产生的赔偿金等。

三、特殊情况处理

• 经济损失赔偿：如果劳动者自离确实给工厂造成了实际经济损失，工厂可以依据劳动合同约定或法律规定要求劳动者赔偿损失。但需注意，赔偿金额受到一定限制，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
• 赔偿与工资分离：工厂不能直接用工资来抵扣损失，必须通过合法途径，如协商或通过劳动争议仲裁等方式来解决赔偿问题。

四、实际案例参考

在实际操作中，已经有多起类似案例表明，工厂因员工自离而拒付工资的行为被劳动监察部门或仲裁机构认定为违法，并责令工厂支付工资及可能的赔偿金。这些案例都强调了劳动者获得劳动报酬的权利不受离职方式的影响。

综上所述，工厂在员工自离后不发工资是违法的。如果你遇到了这样的情况，不要慌张，可以通过协商、投诉或仲裁等合法途径来维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。